※本記事の内容は一般的な情報提供のみを目的にして作成されています。法務、税務、会計等に関する専門的な助言が必要な場合には、必ず適切な専門家にご相談ください。
2023年10月にインボイス制度（適格請求書等保存方式）が始まり、消費税の仕入税額控除を受けるためのルールが変わりました。ただし、制度開始後すぐにすべての取引を新しいルールへ切り替えると事業者の負担が大きくなるため、一定期間は「経過措置」と呼ばれる負担軽減策が設けられています。
さらに、2026年10月からは令和8年度税制改正により、これらの経過措置の内容が変更になります。免税事業者などからの仕入れに対する買い手側の控除割合が見直されるほか、売り手側である個人事業主も、2027年・2028年分の消費税の確定申告で納付税額を売上税額の３割とすることができる「3割特例」が新設されます。
この記事では、まずインボイス制度そのものを簡単に確認したうえで、経過措置の意味や2026年10月からの変更ポイント、控除額の変更スケジュールや2割特例・3割特例について、わかりやすく解説します。簡易課税制度を使ったほうがお得になる事例や、インボイス制度に対応するうえで便利なSquareの各種機能も紹介します。
📝この記事のポイント
- インボイス制度の経過措置は、免税事業者などからの仕入れでも一定割合の仕入税額控除を認める仕組み
- 2026年10月から、控除割合は80％から70％へ下がり、その後も段階的に引き下げられる
- 売り手側の負担軽減制度である2割特例は、原則として2026年9月30日が属する課税期間まで利用できる
- 3割特例は、一定の個人事業者が2027年分・2028年分の申告で利用できる
- Squareならインボイス対応の売上・請求書管理をしやすく、会計ソフトとも連携できる
目次
- インボイス制度とは？
・仕入税額控除とインボイスの関係 - インボイス制度の経過措置とは
・経過措置が設けられている理由 - 2026年からインボイス制度はどう変わる？
- 買い手側：控除割合が段階的に縮小
・インボイスの控除はいつから引き下げになる？
・経過措置はいつまで？ - 売り手側：2割特例とは？
・2割特例の対象者
・2割特例の終了時期 - 2割特例終了後は「3割特例」が使える
・3割特例の対象者
・2割特例・3割特例はお得？ - Squareでインボイス対応の管理を効率化
・Square POSレジでレシートや売上データを管理する
・Square 請求書でインボイス対応の請求業務を整える
・会計ソフトとの連携で経理処理を効率化する - まとめ
- よくある質問
・インボイス制度の経過措置とは何ですか？
・3割特例とは何ですか？
・インボイスの控除はいつから引き下げになりますか？
インボイス制度とは？
インボイス制度は、買い手が消費税の仕入税額控除を受けるために、原則として売り手が発行する「適格請求書（インボイス）」を保存する仕組みです。
インボイスを発行できるのは、税務署に登録した適格請求書発行事業者です。売り手が登録すると、登録番号や税率ごとの消費税額など、決められた項目を記載した請求書やレシートを発行します1。
仕入税額控除とインボイスの関係
まず、経過措置を理解するために「仕入税額控除」を確認しましょう。消費税は、売上時に受け取った消費税をそのまま全額納めるわけではありません。通常は、売り上げにかかる消費税から、仕入れや経費で支払った消費税を差し引いて納付税額を計算します。この差し引きが「仕入税額控除」です。
インボイス制度では、原則としてこの仕入税額控除を受けるために、適格請求書発行事業者が発行したインボイスの保存が必要です。つまり、買い手にとっては「取引先がインボイスを発行できるか」が、消費税の計算に影響することがあります。
インボイス制度の経過措置とは
インボイス制度の経過措置とは、インボイスを発行できない免税事業者などから仕入れた場合でも、一定期間は仕入税額相当額の一部を控除できる仕組みです。
国税庁は、2031年9月末まではインボイスの保存がなくても、一定割合を仕入税額とみなして控除できるという仕組みを設けています1。これが、いわゆる「インボイス制度の経過措置」です。
経過措置が設けられている理由
インボイス制度の開始直後に、すべての対象事業者が登録を済ませるとは限りません。免税事業者と取引する際に、これまで通りに消費税を引けなくなると、買い手の納税負担が急に増えてしまう可能性があります。そこで、段階的に控除割合を下げる経過措置が設けられたのです。つまり、経過措置は買い手が仕入税額控除を受けるための負担軽減策です。
一方、売り手がインボイスを発行するには、適格請求書発行事業者として登録する必要があります。登録した免税事業者は課税事業者となり、消費税の申告・納税が必要になります。
2026年からインボイス制度はどう変わる？
2026年10月から、令和8年度税制改正によりインボイス制度の経過措置が一部変わります。ここでは、買い手側と売り手側それぞれにどのような影響があるか確認しておきましょう。
買い手側：控除割合が段階的に縮小
特に確認しておきたいのが、免税事業者などインボイス発行事業者ではない相手から仕入れたときに、買い手が控除できる割合です。まずは控除割合がどのように変化するか、スケジュールを見てみましょう2。
| 期間 | 控除できる割合 |
|---|---|
| 2023年10月1日〜2026年9月30日 | 80％ |
| 2026年10月1日〜2028年9月30日 | 70％ |
| 2028年10月1日〜2030年9月30日 | 50％ |
| 2030年10月1日〜2031年9月30日 | 30％ |
| 2031年10月1日以降 | 0％ |
インボイスの控除はいつから引き下げになる？
2026年10月からいきなり全く控除できなくなるわけではありません。上記の表にあるように、インボイス発行事業者ではない相手からの仕入れについて、2026年9月30日までは仕入税額相当額の80％を控除できますが、2026年10月1日からは70％に引き下げられ、その後50％、30％と段階的に縮小していきます2。
たとえば、仕入れに含まれる消費税相当額が1万円だった場合、現在の経過措置では8,000円を控除できますが、2026年10月以降は7,000円になります。買い手から見ると、同じ仕入れでも控除できる金額が少なくなるため、納付する消費税が増える可能性があります。
また、令和8年度税制改正では、1つのインボイス発行事業者ではない相手からの課税仕入れの合計額が、その年または事業年度で1億円を超える場合、超えた部分にはこの経過措置を適用できないルールも設けられました3。大口の仕入れがある場合は、専門家に確認しておくと安心です。
経過措置はいつまで？
経過措置の控除割合は、段階的に縮小されます。流れをもう一度整理すると、2026年10月に70％、2028年10月に50％、2030年10月に30％となり、2031年10月以降は経過措置による控除がなくなります2。
ここで注意したいのは、このスケジュールは買い手が仕入税額控除できる割合の話だという点です。インボイス発行事業者になった売り手側の負担を緩和する制度については、この後に解説します。
売り手側：2割特例とは？
ここからは、売り手側の負担軽減策である「2割特例」を見ていきましょう。2割特例とは、インボイス登録をきっかけに免税事業者から課税事業者になった小規模事業者について、納付する消費税を売上税額の2割にできる制度です。対象となる小規模事業者にとっては、納付税額の計算が簡単になるというメリットがあります。
2割特例の対象者
2割特例の主な対象は、インボイス発行事業者の登録によって免税事業者から課税事業者になった事業者です。基準期間の課税売上高が1,000万円以下であることなど、一定の要件があります4。
一方、もともと課税事業者だった場合や、インボイス登録とは別の理由で課税事業者になった場合などは、対象外になることがあります。自分が使えるか判断しにくい場合は、国税庁の要件を確認するか、税理士などに相談しましょう。
2割特例の終了時期
2割特例は、2026年9月30日までの日が属する課税期間で利用できます4。個人事業者で暦年を課税期間としている場合は、通常、2026年分の消費税申告までが対象です。
法人は決算期によって対象となる最後の課税期間が変わりますので、自社の課税期間を確認しましょう。
2割特例終了後は「3割特例」が使える
2割特例が終わった後の個人事業主の負担を軽減するために新設されたのが、3割特例です。対象となる個人事業主は、2027年分と2028年分の消費税申告で、納付税額を売上税額の3割にできます3。つまり、2割特例では「売上税額の2割」を納めていた人が、要件を満たせば、その後2年間は「売上税額の3割」で計算できるという流れです。ただし、3割特例は法人には適用されないなどの違いがあります。
| 項目 | 2割特例 | 3割特例 |
|---|---|---|
| 納付税額 | 売上税額の2割 | 売上税額の3割 |
| 主な対象 | インボイス登録で免税から課税になった事業者 | インボイス登録で免税から課税になった一定の個人事業者 |
| 主な期間 | 2026年9月30日までの日が属する課税期間まで | 2027年分・2028年分 |
| 法人 | 要件を満たせば対象になり得る | 対象外 |
政府はまた、2割・3割特例から簡易課税制度に移行する事業者に対しても、届出書の提出期限を緩和する措置を設けています5。
消費税の申告方法には、2割・3割特例を用いた方法のほかに、仕入控除税額について実額で計算する「一般課税」、業種ごとに決められた「みなし仕入率」を適用して仕入控除税額を計算する「簡易課税制度」による方法があります。簡易課税制度の適用には通常、「消費税簡易課税制度選択届出書」を課税期間の初日の前日までに提出する必要があります。ただし、2割・3割特例から簡易課税制度に移行する事業者については、簡易課税制度適用を受けたい課税期間の申告期限まで、届出書の提出期限が延長されます。
3割特例の対象者
3割特例の主な対象は2割特例と同じく、インボイス発行事業者の登録によって免税事業者から課税事業者になった個人事業者ですが、ほかにも「基準期間の課税売上高が1,000万円以下であること」などの要件があります3。
また、3割特例は法人には適用されません。課税期間を短縮している場合や、一定の資産を取得したことで免税事業者になれない場合など、対象外となるケースがあります。
2割特例・3割特例はお得？
2つの制度はどちらも計算にかかる業務負担は軽減できます。ただし「2・3割特例を使った方が必ず消費税の納税額が少なくなる」とはいえません。
国税庁のウェブサイト5には、卸売業や小売業、飲食料品の譲渡を行なう農林水産業などの個人事業者は、3割特例よりも簡易課税制度を適用した方が消費税の納付税額が少なくなると考えられるとの記載があります。また、国税庁が公開している資料6にも、卸売業者から雑貨を仕入れて消費者に販売する事業を営む個人事業主の事例が掲載されています。
私は、卸売業者から雑貨を仕入れ、消費者に販売する事業を営んでいる個人事業者ですが、インボイス制度を機に課税事業者となり、これまでは２割特例を適用して消費税の申告を行っていました。令和８年をもって２割特例を適用することができなくなるため、今後は３割特例や簡易課税制度を適用することも検討していますが、どのような方法により消費税の申告を行えばよいのでしょうか。
これに対し、国税庁は以下のように回答しています。
ご質問のように、行っている事業が「小売業」に該当する場合、簡易課税制度を適用して申告することで、80％のみなし仕入率が適用されることになりますので、３割特例を適用するよりも、消費税の納付金額が少なくなると考えられます。
ほかにも、多額の設備投資があり仕入れの消費税額が売り上げの消費税額を上回る場合は、一般課税で申告することで還付税額が受け取れるケースもあります。自分の業種や設備投資の状況を踏まえて、特例を使うかどうかを判断しましょう。
Squareでインボイス対応の管理を効率化
インボイス登録後は、日々の売上記録やレシート・請求書の発行を正確に行うことが大切です。また、2割・3割特例を適用すべきかどうかの判断にも、帳簿を正確に記録しておくことが不可欠です。決済代行会社のSquareが提供する各種サービスを使えば、こうした業務を効率化でき、入力ミスなどを防ぐことができます。
Square POSレジでレシートや売上データを管理する
Square POSレジでは、店舗の売上や会計データを記録できます。登録番号や税率別の情報を適切に設定しておけば、インボイス制度に沿ったレシート発行や売上管理に役立ちます。飲食店や小売店では、8％と10％の商品が混在することもあります。商品ごとに税率を設定して会計データを残しておけば、あとから税率別の売上を確認しやすくなります。
また、小売業などで消費者から支払いを受け付ける場合は、Squareの決済端末の導入もおすすめです。SquareならクレジットカードやQRコード、電子マネーなどのキャッシュレス決済を1つのアカウントで導入できます。
Squareのキャッシュレス決済はSquare POSレジと連携でき、月額固定費と振込手数料は無料。必要なのは決済端末の購入費用と決済ごとに発生する決済手数料のみです。
Square 請求書でインボイス対応の請求業務を整える
Square 請求書では、オンラインで請求書を作成・送信できます。インボイスとして必要な情報を設定しておくことで、取引先への請求業務をデジタル化できます。請求書を受け取った取引先は、支払いをクレジットカードを使ってオンラインで済ませることも可能です。
請求書を送った後は、支払い状況もオンラインで確認できます。請求書の作成や送信、入金確認をまとめて管理でき、確定申告の時期にも慌てずに作業できます。
会計ソフトとの連携で経理処理を効率化する
Square POSレジは会計ソフトと連携させることもできます。Squareの売上データや決済情報を会計ソフトへ連携すれば、同じ数字を何度も手入力する作業を減らし、消費税申告に必要な確認をスムーズに進められます。
経過措置や特例は、適用できる時期や条件がそれぞれ異なります。レシートや請求書、売上データを日頃から整理しておけば、税理士や会計担当者へ相談するときにも状況を説明しやすくなります。
Square POSレジで店舗の効率をアップ
Square POSレジは、中小企業や個人事業主の業務効率化に役立つ無料アプリです。会計業務に加え、売上分析や在庫管理、スタッフ・顧客の情報管理など、高度な業務も1つのアプリ内で行えます。
まとめ
インボイス制度の経過措置では、免税事業者などからの仕入れでも2031年9月まで一定割合を控除できます。令和8年度税制改正により、2026年10月からは買い手側の控除割合が70％へ下がるほか、売り手側についても3割特例を2027年分・2028年分の消費税申告から利用できる制度が新設されます。
制度の対象や有利な申告方法は事業者ごとに異なるため、正しい判断をするためにも日々の売り上げや仕入れ内容などを正確に記録しておくことが大切です。Squareを活用すれば、売上・レシート・請求書の管理をまとめやすくなり、インボイス対応の実務を効率化できますので、ぜひ検討してみてください。
よくある質問
ここでは、インボイス制度の経過措置や特例について、よくある疑問に答えます。
インボイス制度の経過措置とは何ですか？
インボイスを発行できない免税事業者などから仕入れた場合でも、一定期間は買い手が仕入税額相当額の一部を控除できる仕組みです。2026年10月以降、控除できる割合は段階的に下がります。
3割特例とは何ですか？
3割特例は、一定の個人事業者について、2027年分・2028年分の消費税申告で納付税額を売上税額の3割にできる制度です。法人は対象外です。
インボイスの控除はいつから引き下げになりますか？
免税事業者などインボイス発行事業者ではない相手からの仕入れに対する経過措置は、2026年10月1日から80％控除から70％控除へ変わります。その後、2028年10月から50％、2030年10月から30％となり、2031年10月以降は経過措置による控除がなくなります。
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執筆は2026年8月18日時点の情報を参照しています。当ウェブサイトからリンクした外部のウェブサイトの内容については、Squareは責任を負いません。