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個人事業主がNISAで節税！確定申告は不要？経費にできる？

著者: Square (スクエア)
2025/8/7

※本記事の内容は一般的な情報提供のみを目的にして作成されています。法務、税務、会計等に関する専門的な助言が必要な場合には、必ず適切な専門家にご相談ください。

NISA（少額投資非課税制度）は税制面においてもメリットがあり、資産形成の方法の一つとして検討する価値のある選択肢です。しかし、「NISAって確定申告が必要なの？」「NISAに投資した額は経費にできるの？」など、個人事業主にとって分からない点も少なくないでしょう。

この記事では、NISAの基本や確定申告との関係、個人事業主が併用すべき節税制度までを詳しく解説します。日々の経理業務を効率化するツールも含め、事業と資産形成を両立させるヒントを紹介します。

📝この記事のポイント

  • NISAは基本的に確定申告は不要、ただし例外もあるので注意
  • NISAは非課税で資産運用できるが、事業の経費には認められない
  • 節税にはiDeCoや国民年金、ふるさと納税などの利用も検討
  • 確定申告で節税するには、控除と経費を正しく使う
  • クラウドツールの有効活用で経理業務の負担を大幅に軽減
目次

NISAとは？個人事業主が知っておきたい基礎知識

ここではNISAの基本的な仕組みと制度の全体像を解説します。特に2024年から導入された新NISAでは、これまでの制度と大きく異なる点があります。

NISAの基本的な仕組み

NISA（少額投資非課税制度）は、株式や投資信託などから得られる利益にかかる所得税・住民税などが非課税になる制度1です。通常、株式や投資信託などの金融商品から得た配当や分配金、譲渡金には約20％の税金2が課されます。

【投資にかかる税金の内訳】

  • 所得税：15％
  • 住民税：5％
  • 復興特別所得税：0.315％（2037年まで）
    ＝合計20.315％

しかし、NISAを利用すれば一定額まで非課税で運用できるため、確定申告をせずに税制優遇を受けられるのです。NISAを利用するには、金融機関で専用口座を開設する必要がありますが、所得制限はありません。また、日本在住の18歳以上の個人であれば個人事業主でも会社員でも利用可能です。

旧NISAと新NISA・つみたてNISAの違い

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旧NISAは2014年から始まりましたが、2024年に制度が移行されて現在は新NISAに一本化されています。それぞれの主な違いは以下のとおりです。

NISA（2024年以降）1

  つみたて投資枠 成長投資枠
制度の併用 可能 可能
非課税保有限度額（総額） 1,800万円
（成長投資枠の1,200万円を含む）		 1,200万円
年間投資枠 120万円 240万円
非課税保有期間 無制限 無制限
口座開設期間 恒久化 恒久化
投資対象商品 長期の積立・分散投資に適した一定の投資信託 上場株式・投資信託など
買付方法 積立 スポット、積立
対象年齢 18歳以上 18歳以上

旧NISA（2023年まで）3

  つみたてNISA 一般NISA
制度の併用 どちらかを選択 どちらかを選択
非課税保有限度額（総額） 800万円 600万円
年間投資枠 40万円 120万円
非課税保有期間 最大20年 最大5年
口座開設期間 2023年まで 2023年まで
投資対象商品 長期の積立・分散投資に適した一定の投資信託 上場株式・投資信託など
買付方法 積立 スポット、積立
対象年齢 20歳以上（2023年1月以降は18歳以上） 20歳以上（2023年1月以降は18歳以上）

新NISAの主な特徴は、非課税保有期間が無期限になったことと、年間の投資上限枠が拡大したこと、成長投資枠とつみたて投資枠が併用できることです。金融庁の基準を満たす投資信託などを積み立てながら、上場株式などにも幅広く投資できる柔軟性があります。以前よりも多くの金額をいつまでも非課税のまま投資できるようになっているのです。

個人事業主にとってのNISAのメリットとデメリット

個人事業主にとって、NISAの利用には以下のようなメリットとデメリットがあります。

個人事業主がNISAを利用するメリット

  • 事業収入や余剰資金を非課税で資産運用できる
  • NISA口座内での運用益が課税されないため、基本的に確定申告の負担にならない
  • つみたて投資枠は金融庁の基準を満たした長期・積立・分散投資に適した商品に限定されていて、投資初心者でも商品が選びやすい

個人事業主がNISAを利用するデメリット

  • NISAで購入した投資信託や株式は原則として経費に計上できない
  • あくまで投資であり、元本割れのリスクがある

NISAの確定申告は不要？経費にできる？

NISAは非課税制度として知られていますが、節税目的だけの利用は適していません。また、事業資金からどの程度投資に回すかについても、慎重な判断が求められます。

ここではNISAを利用する場合に、必要となる確定申告の内容や、投資に使ったお金を経費にできるかについて解説します。

NISAは確定申告が原則不要だが、注意点あり

NISA口座を利用して得た配当や売却益は、原則として非課税となるため、確定申告をする必要はありません。たとえば、NISA口座で購入した投資信託で利益が出たとしても、通常の課税口座と異なり、自動的に非課税として処理されます。

ただし、後述のとおりNISAでも課税対象になる場合があるため、その際は確定申告をしなければなりません。

NISAでも確定申告が必要なケース

NISAを利用していても、次のようなケースでは確定申告が必要です。

1. 配当金などの受け取り方法が「株式数比例配分方式」以外の場合

配当金や分配金には、四つの受け取り方法があります4。

  • 株式数比例配分方式
  • 登録配当金受領口座方式
  • 個別銘柄指定方式
  • 配当金領収証方式

このうち、配当金が非課税になるのは、株式数比例配分方式の場合のみです5。他の方式を選択している場合は非課税扱いにならないため、確定申告が必要です。

2. 非課税保有期間終了後に課税口座へ払い出す場合

旧NISAの一般NISA口座で投資した場合、非課税期間は最大5年です。それ以降は、保有している商品が自動的に課税口座に移管されるため、その後の売却益には税金が発生します。

（例）2020年：商品購入→2024年末：非課税期間終了→2025年：課税口座に移管

一般口座あるいは特定口座（源泉徴収なし）を利用していれば、確定申告が必要になるため、旧NISAの非課税期間が終了する前に、いったん売却するかどうかを検討する余地があります。

NISAでの投資は経費として認められない

事業に投資はつきもののため、個人事業主の視点として、NISAへの投資を事業活動の一環と考えたくなるかもしれません。しかし、NISAはあくまで「個人の資産形成」を目的とした制度です。そのため、NISA口座で購入した株式や投資信託は、税務上は必要経費とはみなされず、損益計算書にも計上できません。

つまり、どれだけNISAで運用しても課税所得自体は影響を受けないため、節税目的では利用できない点に注意が必要です。

NISAのやり方

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NISAを始めたいと思っても、具体的な手続きはイメージしづらいものです。ここでは、口座開設のやり方と、実際に利用する証券会社の選び方について紹介します。

NISA口座開設に必要な書類と手続きの流れ

NISA口座を開設するには、所定の手続きと本人確認書類の提出が必要です。

  1. 金融機関の選定：NISA口座は、原則として1人1口座しか開設できません。証券会社や銀行などの金融機関選びを含めて、慎重な選定が必要です。
  2. 口座開設の申込：選んだ金融機関のウェブサイトや店舗から、NISA口座の開設を申請します。
  3. 本人確認書類の提出：運転免許証やマイナンバーカードなどの本人確認書類を提出したうえで、マイナンバーの登録を行います。
  4. 税務署による審査（非課税適用確認）：税務署が他の金融機関にNISA口座を開設していないかどうかを確認します。通常1～2週間ほどかかります。
  5. NISA口座の開設完了：審査が通過すれば、NISA口座が開設されます。その後、投資信託や株式の購入が可能になります。

なお、旧NISAですでに口座を開設していた場合でも、別の金融機関で新NISAを始める場合には、あらためて手続きが必要となります。

証券会社を選ぶ際の比較ポイント

NISAを利用するには、金融機関の選定が非常に重要です。特に新NISAでは、つみたて投資枠・成長投資枠の両方を使えるかどうかもポイントになります。証券会社を選ぶ際に確認すべき主な項目は、以下のとおりです。

  • 取り扱い商品の多さ：NISAは投資信託・ETF・個別株などが対象ですが、金融機関ごとに取り扱い数や商品内容が異なります。自分の投資目的に合った商品があるかどうかを確認しましょう。
  • 手数料の水準：NISA口座では税制上のメリットがある分、取引手数料はできるだけ抑えたいポイントです。多くのネット証券会社では、NISA取引の売買手数料を無料にしている場合もあります。
  • 投資のしやすさ：ショッピングで得たポイントを投資に回せる、つみたて投資枠・成長投資枠の両方が使えるなど、金融機関によりさまざまなサービスがあります。
  • 使いやすさ・サポート体制：ウェブサイトの画面やアプリの操作性、サポートの対応品質も重要です。
  • コンテンツの充実度：安心して投資をするための知識を身につけられるように、セミナーやイベント、YouTubeなどの動画コンテンツ、資産運用の各種シミュレーションなどが充実していると投資初心者でも利用しやすくなります。

NISAと併用して効果アップ！個人事業主が使える五つの節税対策制度

NISAは非課税制度であるものの、事業上の所得控除や必要経費にはなりません。そこで、節税効果を高められる制度もあわせて活用するのが効果的です。ここでは、個人事業主が利用できる代表的な五つの制度をご紹介します。

（1）iDeCoで老後資金を積み立てながら所得控除を受ける

iDeCo（個人型確定拠出年金）は、個人が自らの責任で掛金を運用し、資産形成をする私的年金制度です6。掛金は全額が所得控除の対象となり、将来の老後資金を準備しながら税負担を軽減できます。NISAと異なり、節税効果が直接的に所得税や住民税の軽減に反映される点が特徴です。

  • 対象者：国民年金第1号被保険者（20歳以上60歳未満の自営業者とその家族、フリーランス、学生）など
  • 上限金額：月額68,000円（個人事業主の場合）
  • メリット：毎年の所得税・住民税を軽減でき、長期運用で資産形成が可能
  • 注意点：60歳まで引き出せない。通算加入期間によっては受給可能年齢が引き上げられる

（2）国民年金基金で所得控除を受けながら年金を上乗せ

国民年金基金は、自営業者やフリーランス向けに設けられた公的年金の補完制度です7。iDeCoとの併用が可能で、掛金はiDeCoと同様に全額が所得控除の対象になるため、将来受け取る年金額を安定的に増やすことができます。国が制度を支えていることから、一定の安全性がある点も特徴です。

  • 対象者：国民年金第1号被保険者など
  • 上限金額：国民年金基金とiDeCoの合算で月額68,000円が上限
  • メリット：将来の年金額を増やしつつ、毎年の税負担が軽減できる。終身年金が基本
  • 注意点：加入後は任意に脱退（中途解約）ができない

（3）ふるさと納税を活用して節税しながら地域貢献

ふるさと納税は、地方自治体に寄付し、寄付金額が税額控除される制度です8。自己負担額の2,000円を除いた金額が、所得税と住民税から控除される仕組みです。NISAとは異なり、実際の税負担を直接減らす効果があります。

  • 対象者：個人事業主など誰でも利用可能
  • 上限金額：所得や家族構成に応じた控除上限（個別計算）
  • メリット：実質2,000円の自己負担で節税し、加えて返礼品が得られる。寄付金控除の対象になる
  • 注意点：控除上限を超えた分は自己負担。個人事業主は必ず確定申告が必要

（4）小規模企業共済で退職金を準備しながら節税

小規模企業共済は、個人事業主や経営者の退職金準備を目的とした共済制度です9。掛金は全額が所得控除対象で、将来の廃業や引退に備える資金を積み立てながら、年間の税負担を軽減できます。廃業や退職、老後といった将来の備えに直結する制度です。

  • 対象者：個人事業主、小規模企業経営者、フリーランスなど
  • 上限金額：月額1,000円～70,000円
  • メリット：掛金が毎年の所得控除の対象。退職・廃業時に共済金が受け取れる
  • 注意点：途中解約は元本割れのリスクがある

（5）経営セーフティ共済（倒産防止共済）でリスク対策と節税を同時に

経営セーフティ共済は、取引先が倒産した場合に連鎖倒産を防ぐための共済制度です10。掛金は必要経費として処理できるため、課税所得を直接圧縮する効果があります。将来的には掛金の解約によって手当金も受け取ることができ、資金繰りのリスクにも備えられます。

  • 対象者：継続的な取引先がある中小企業者・個人事業主
  • 上限金額：月額5,000円～20万円、累計800万円まで
  • メリット：掛金を経費として処理できる。掛金に応じて借り入れができる
  • 注意点：上限金額がある。解約時は所得とみなされ課税される

控除と経費を生かして差をつける確定申告の節税ポイント

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NISAは確定申告が不要で非課税という便利な制度です。しかし本来は、確定申告で適切に控除を申請し、経費を計上することが、個人事業主にとって最も重要な節税のポイントとなります。ここでは、確定申告時に意識すべき節税ポイントを紹介します。

iDeCoや共済は申告しないと控除されないので注意

iDeCo・国民年金基金・小規模企業共済などの掛金は、年間の所得から差し引くことができる「所得控除」の対象です。しかし、申告しなければ所得控除の対象にはなりません。もし申告を忘れてしまえば、数万円から数十万円規模の節税機会を逃してしまうかもしれません。

控除する項目がある場合は、小規模企業共済等掛金控除・社会保険料控除などの欄に記載します。また、控除証明書は大切に保管しておくことも重要です。

家事按分を活用し、経費計上できる範囲を最大化

家事按分（かじあんぶん）とは、家賃やスマートフォン代、通信費のように、事業利用と私的利用が混在する費用について、事業利用分だけ経費として計上することです。個人事業主の場合、プライベートと事業の区別が曖昧になることがあるため、適切に家事按分を行うことが重要です。

（例）自宅の家賃のうち、執務スペースの分を経費に計上
（例）スマートフォン代やWi-Fi費のうち、業務利用分を経費に計上

按分には決まったルールがないため、面積・時間など自らの按分割合の根拠を明確にして申告します。税務署からの問い合わせがあった場合には、按分の根拠を示さなければならないため、内訳を記録しておくと安心です。

65万円の控除を受けるには？青色申告の基本チェック

青色申告には多くのメリットがありますが、特に大きいのが「青色申告特別控除」です。正しく申告すれば、最大65万円の控除が受けられます。

65万円の青色申告特別控除を受けるには、以下の条件をすべて満たす必要があります。

  • 不動産所得または事業所得がある
  • 複式簿記で記帳している
  • 貸借対照表と損益計算書を添付している
  • 確定申告期限内に申告している
  • e-Taxで青色申告している、または電子帳簿保存している

これらの条件を満たせない場合でも、10万円の控除は受けられるため、初年度は10万円から始め、将来的に65万円控除を目指すのも現実的です。

なお、青色申告をするには、原則、開業日から2カ月以内に「青色申告承認申請書」を提出する必要があります。

日々の経理・業務の効率化に役立つ個人事業主向けの四つのツール

節税対策には、日々の記帳や経理管理も必要ですが、すべてを手作業で行うのは大変です。ここでは、日々の経理業務の負担軽減や効率化に役立つツールを紹介します。

（1）確定申告や日々の記帳がラクになるクラウド会計ソフト

クラウド会計ソフトは、銀行口座やクレジットカードの取引情報を自動で取り込み、仕訳や帳簿作成を自動化できるツールです。クラウド上で常に最新の状態に保たれるため、税理士との情報共有もスムーズです。

  • 主な機能：自動仕訳、帳簿作成、確定申告書出力、税理士との共有
  • サービス例：freee会計、マネーフォワード クラウド確定申告、やよいの青色申告 オンライン
  • メリット：青色申告に対応しやすい。スマートフォンからも操作が可能で、日々の記帳が簡単になる

（2）売上管理を自動化できるPOSレジシステム

POS（販売時点情報管理）レジは、商品販売のたびに売上・在庫・顧客情報をリアルタイムで記録してくれるシステムです。誰が何をいつ売ったかなどがデータで把握できるため、売り上げの見える化と業績分析に最適です。クラウド会計ソフトと連携できるサービスであれば、売上情報の入力作業の負担が軽減します。

  • 主な機能：売上集計、商品別販売履歴、スタッフ別実績管理
  • サービス例：Square POSレジ
  • メリット：売り上げの見える化で経営判断がしやすくなり、記帳作業の手間が軽減できる

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（3）現金管理の手間を減らせるキャッシュレス決済サービス

キャッシュレス決済サービスを導入することで、現金の管理業務（レジ締め、入出金の記録など）を大幅に削減できます。扱う現金の量が減ることで、レジ締めや帳簿付けもスピードアップし、過不足発生の防止にもつながります。

  • 主な機能：クレジットカード、QRコード、電子マネーによるキャッシュレス決済の受付
  • サービス例：Squareの決済端末
  • メリット：現金紛失リスクの低減。自動で入金状況が記録できるため、経費精算や帳簿入力が効率化

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（4）請求書の発行・送付・管理を効率化するクラウド請求書ツール

クラウド請求書ツールを使えば、請求書の作成と送信をすべてオンラインで完結できます。紙でのやりとりが不要になり、取引先とのやりとりもスムーズになります。取引記録がデジタルで一元管理できるため、確定申告時の資料としても便利です。

  • 主な機能：請求書のテンプレート、メール送信、自動リマインド、入金管理
  • サービス例：Square 請求書
  • メリット：請求業務の効率化とミスの削減。記録のデジタル管理で確定申告時の資料整理にも便利
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よくある質問（FAQ）

ここでは、個人事業主がNISAを利用する際に気になる疑問を解説します。

Q. NISAの年間投資枠の上限・限度額は？

A. 新NISAの年間の合計投資上限は最大360万円です。このうち、つみたて投資枠は年間120万円まで、成長投資枠は年間240万円までです。二つの枠の併用が可能で、生涯の非課税保有限度額は1,800万円（うち、つみたて投資枠は600万円まで）です。

Q. NISA口座は複数開設できる？

A. NISA口座は、1人につき1口座のみの開設が可能です。複数の金融機関にNISA口座を持つことはできません。金融機関を変更する際は、元の金融機関に「金融機関変更届出書」を提出し、その後、新しい金融機関で税務署の審査が必要です。変更は年単位でしか行えず、1年に複数回の変更ができないため注意が必要です。

Q. NISAの手数料はどれくらい？

A. NISAの口座開設・維持にかかる手数料は無料ですが、利用する証券会社によって商品ごとの購入手数料や信託報酬が発生することがあります。一方、ネット証券を中心にNISA取引の手数料無料化が進んでおり、特にETFや投資信託などは購入手数料0円の商品も多数あります。取引手数料や投資信託の保有中に差し引かれる信託報酬を考慮して、非課税メリットを最大限に活用しましょう。

まとめ

NISAは非課税で利用できますが、経費に計上できず控除対象にならないため、資産形成の観点からは、他の節税制度と組み合わせて確定申告時に節税ができるように工夫することも重要です。

また、個人事業主が本業に集中できるようにするためには、日々の提携業務の効率化も重要です。クラウド会計ソフトやPOSレジ、キャッシュレス決済、請求書管理ツールなどのデジタルツールが役立ちます。

NISAで資産形成を行いながら、確定申告や節税の選択肢を広げていけば、個人事業主としてさらなる経営の安定化が図れます。まずは、取り組みやすいところから始めてみましょう。

Squareのブログでは、起業したい、自分のビジネスをさらに発展させたい、と考える人に向けて情報を発信しています。お届けするのは集客に使えるアイデア、資金運用や税金の知識、最新のキャッシュレス事情など。また、Square加盟店の取材記事では、日々経営に向き合う人たちの試行錯誤の様子や、乗り越えてきた壁を垣間見ることができます。Squareブログ編集チームでは、記事を通してビジネスの立ち上げから日々の運営、成長をサポートします。

執筆は2025年8月8日時点の情報を参照しています。当ウェブサイトからリンクした外部のウェブサイトの内容については、Squareは責任を負いません。Photography provided by, Unsplash

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