税務調査とは?実際の流れとトラブルを防ぐ帳簿管理のコツ

「税務調査」と聞くとどうしても身構えてしまうという経営者も多いのではないでしょうか。「税務調査」とは、確定申告の内容に対して税務署が行う調査のことです。万一申告内容に誤りが見つかると、追徴課税が発生する可能性もあります。

経営者の中には、「税務調査は大企業が受けるもの」「中小企業や創業したての企業、個人事業主には縁遠い話だ」と思っている人もいるかもしれませんが、決してそうとはいい切れません。いざというときに焦らず対応するためにも、税務調査の内容や流れを理解しておくにこしたことはありません。知識があって適切な帳簿管理ができていれば、過分に恐れることはないのです。

本記事では税務調査の流れやトラブルにならないための帳簿管理のコツを説明します。

目次


税務調査とは

税務調査とは、税務署が納税者の申告内容が正しいかどうかを確認するために行う調査のことです。国税庁が毎年公表している「法人税等の調査事績の概要」によると、法人に対する実地調査件数は、2018年が99,000件、2019年が76,000件、2020年が25,000件、2021年が41,000件、2022年が62,000件です。

実地調査件数は減少傾向にありますが、単純に税務調査自体が行われなくなっているとみなすことはできず、新型コロナウイルスの影響で、調査件数が減少したことを考慮しなければいけません。また、調査件数は減少していますが、1件あたりの追徴税額は増加傾向にあります。

参考:
令和元事務年度 法人税等の調査事績の概要(2020年11月、国税庁)
令和2事務年度 法人税等の調査事績の概要(2021年11月、国税庁)
令和3事務年度 法人税等の調査事績の概要(2022年11月、国税庁)
令和4事務年度 法人税等の調査事績の概要(2023年11月、国税庁)

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税務調査の種類

税務調査には、大きく分けて「任意調査」と「強制調査」の2種類があります。

任意調査

「任意調査」とは、脱税などの疑いのない、普通の企業を対象に行われる調査です。事前に調査が行われる旨の連絡が入るので、突然調査官が会社に押しかけるということはありません。といっても、調査の場で調査官が書類内容に関する質問をするので、黙秘や虚偽の報告などは許されません。調査官の質問によどみなく答えられるよう、しっかりと事前準備をしておきましょう。

強制調査

脱税の疑いが濃厚な場合に行われるのが「強制調査」です。いわゆる「マルサ」、国税局査察部が行う調査のことです。強制調査は脱税の隠蔽が悪質である場合や、脱税額がかなり大きいと想定される場合に、裁判所の令状をもって行われます。

税務調査の実施時期

税務調査の実施時期に特に決まりはありません。ただ傾向としては以下が挙げられるようです。

  • 確定申告時期の実施は少ない
  • 決算期が2月から5月の場合は、7月から12月までに入ることが多い
  • 決算期が6月から1月の場合は、1月から6月までに入ることが多い

税務署で確定申告書や決算書の確認が行われたあとに、税務調査が実施されるケースが多いと考えておくといいかもしれません。

税務調査の対象になりやすい法人・個人事業主の特徴

税務調査の目的は、適切に納税が行われているかどうかを確認するという点にあります。法人と個人事業主でそれぞれどのような場合に税務調査の対象になりやすくなるのかを分けて見ていきましょう。

法人

法人の場合は、以下が想定できます。

  • 売り上げが大きく増減している
  • 消費税の還付を受けた
  • 多額の経費が計上されている
  • 事業所得の赤字が続いている
  • 消費税の課税対象となる売り上げが1,000万円ギリギリ

実際にどれくらいの確率で税務調査が入るのかは気になるところでしょう。

2022年7月31日までに申告があった法人税の申告件数と、2021年の事務年度に実地調査(注)が行われた件数を参考までに見てみましょう。

法人税の申告件数:306万5,000件
実地調査の実施件数:41,000件

この件数をもとにすると、税務調査が入る確率は1.3%と、おおよそ100件中1件という計算になります。

注:調査は、2021年2月1日から2022年1月31日までの間に事業年度が終了した法人が対象です。

参考:
令和3事務年度 申告所得金額の総額は79兆5千億円で過去最高(2022年11月2日、日税ジャーナルオンライン)
令和3事務年度法人税等の調査事績の概要(国税庁)

個人事業主

個人事業主だと、以下の場合に税務調査が入る可能性があります。

  • 税務申告をしていない
  • 売り上げが大きく増減している
  • 申告内容に不審な点がある(たとえば「確定申告書と取引先の支払調書で取引金額に差異がある」 「売り上げに対して経費が多すぎる」など)

2021年分の申告件数と特別調査や一般調査の件数を見ると、以下の通りでした。

申告件数(個人事業主以外の給与所得者も含む):656万9,000件
特別調査・一般調査件数:2万4,000件

上記の件数をもとに計算すると、個人がこれらの調査を受ける確率は0.3%になります。件数は少ないですが、油断は大敵です。確率などは問わず、上記の点に当てはまると税務調査が入りやすくなる、と意識しておくといいでしょう。

参考:
令和3事務年度 所得税及び消費税調査等の状況(国税庁)
申告納税者数、所得金額及び税額の概要(国税庁)

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税務調査の流れと日数

実際の税務調査はどのような流れで行われるのでしょうか。ここでは任意調査にしぼってその流れを簡単に説明します。

事前通知と日程調整

税務署より電話で事前通知を受けることが一般的です。申告書に税務代理権限証書を添付していた場合は、税理士に連絡が入ります。日程調整をし、いつ税務調査を受けるかが決まります。基本的には事業主の都合のいい日程での調整が可能です。

書類などの事前準備

当日を迎えるまでに書類を事前に準備しておきましょう。用意しておいたほうがいい書類について詳しくは「税務調査時に準備しておくべきもの」の章で紹介しています。

実地調査

税務調査は1日から3日(事業の規模で変わります)のスケジュールで行われるのが一般的です。

税務調査でまず行われるのは、事業内容の確認です。取引先の状況や役員の情報を確認されることもあります。合わせて、帳簿のチェック、領収書と帳簿の付け合せ、仕分けの確認などが行われます。すべての確認が終わったあと、指摘事項を申し渡されます。

調査結果の報告

税務調査の結果は、長くて3カ月ほどかかることもあるようですが、基本的には調査から1カ月ほどで連絡があるのが一般的です。指摘の状況によって、修正申告が求められる場合と、指導でとどまるケースがあります。結果によっては、追徴課税が求められることもあります。詳しくは「調査結果の2パターンと対応方法」の章で触れています。

税務調査時に準備しておくべきもの

税務調査時には、事業のお金の流れに関する資料や、取引の内容が確認できるような資料の提出を求められます。調査の連絡があったら、以下の資料を準備しておきましょう。また、経理担当者のパソコンの中も確認し、整理しておくことをおすすめします。

法人と個人事業主が用意すべき書類

法人でも個人事業主でも用意しておきたい書類は以下のとおりです。

  • 総勘定元帳、仕訳帳などの帳簿類
  • 帳簿作成の元となる資料(領収書、請求書、小切手控、預金通帳など)
  • 請求書、納品書
  • 契約書
  • 稟議書(りんぎしょ)
  • 議事録
    など

【法人のみ】用意すべき書類

法人の場合はさらに以下も用意しておきましょう。

  • 登記簿
  • 定款
  • 株主総会議事録
    など

帳簿などの書類には5年から長い場合で10年の保存期間の規定があります。資料の種類、企業か個人か、その他の条件によっても保存期間は異なります。

参考:
記帳や帳簿等保存・青色申告|国税庁
帳簿書類等の保存期間|国税庁

税務調査の際の注意点

税務調査では、帳簿の内容や領収書の中身などが細かく確認されます。具体的に何年分の資料をチェックされるのか、よくある指摘にはどのようなものがあるのかを見ていきましょう。

何年分チェックされる?

税務調査では過去数年分の資料の提出が求められることがあります。税務署からの指示に基づいて、少なくとも直近5年分程度の資料はすぐに用意できるように準備しておきましょう。

よくある指摘事項

よくある指摘事項としては、次のものが挙げられます。

  • 収益や費用の属する期がずれている
  • 減価償却資産を一括して計上している
  • 事業と関係のない交際費を計上している
  • 外注実績がないのに外注費を計上している

現状の経理処理に不安がある人や、税務調査の連絡があって不安だという人は、このような内容を中心にセルフチェックしてみるとよいでしょう。詳しくは後述しますが、申告内容に誤りがあった場合には、税務調査前に自分で修正申告を行うことでペナルティを減らすことができます。

税務調査ということで、税法の知識が必要な難しい指摘が多いのではと不安に思う人もいるかもしれませんが、実際の指摘事項は専門知識がなくても理解しやすいものです。わからないことや納得できないことがあれば、調査官に質問もできます。自分で適切な対応ができるか不安がある場合には、顧問税理士に立ち会いを依頼するのも一つの手です。

税務調査を受ける際のポイント

税務調査を受けることになったら、以下のポイントに注意するとよいでしょう。

  • 顧問税理士がいる場合には事前に打ち合わせしておく
  • 必要な書類は必ずコピーしておく
  • 質問には正直に、質問されたことのみに答える

詳しく見ていきましょう。

税理士との事前打ち合わせ

顧問税理士がいる場合には、税務調査の連絡があったことを伝え、事前に打ち合わせをしておきましょう。専門家の立場から適切なアドバイスを得られるだけでなく、精神的な安心感にもつながります。顧問税理士がいない場合は、すでに触れた内容を参考に必要書類を用意しましょう。嘘偽りなく申告を行ったのであれば、過度に不安を感じる必要はありません。

必要な書類はコピーしておく

税務調査の際、調査官が資料を税務署に持ち帰って調べたいと申し出るケースもあります。手元にないと困る資料がある場合、コピーやスキャンをして準備をしておくとよいでしょう。さらに、普段から重要資料のバックアップをとるようにする、クラウドベースのサービスを利用してデータを保存しておくなどするとより安心です。

質問には正直に、質問されたことのみに答える

実際に税務調査を受けるにあたっては、質問には正確かつ正直に、質問されたことにのみ答えてください。質問に曖昧に答えたり、質問に関係のないことを話したりすると、余計な嫌疑をかけられる可能性もあります。

「経営者として自身の事業について知っていることを話すだけ」「申告は可能な限り正確かつ正直に行った」と考えると緊張や不安に思う気持ちを落ち着けられることでしょう。

調査前に申告内容に誤りがあることがわかったら

税務調査の連絡があり、税務調査を受ける準備をするなかで、過去の書類にミスが見つかるかもしれません。このような場合には税務調査の前に自分から過少申告についての修正申告をすることをおすすめします。

申告内容に不備があると追徴課税が発生します。過少申告や未納付があった場合にはペナルティとして「加算税」が課せられます。加算税にもいくつか種類がありますが、たとえば申告額が少なかった場合に課せられる「過少申告加算税」の税額は原則10%です。しかし、税務調査の前に修正申告を行った場合は、加算税の対象にならない可能性が高くなります。事前通知後でも調査終了前に修正申告を行った場合でも税(原則5%)が軽減されます。

申告に間違いがないのが望ましいですが、予期せぬ間違いが起こる可能性もあります。もし事前通知を受けたら、社内で申告内容を再度確認し、迅速に不備に対応できるようにしておきましょう。

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調査結果の2パターンと対応方法

税務調査が終わると、結果報告があります。申請内容に不備がないと認められれば「申告是認」、不備があれば「修正申告」を勧められます。詳しく見ていきましょう。

申告是認

調査の結果、申告内容に不備がないと認められたケースを「申告是認」といいます。この結果を受けると、「申告是認通知書」が書面で届きます。申告是認通知書を受理して、正式に調査は終了します。

修正申告

申告内容に誤りがある場合、申告漏れがあった場合には調査官より修正申告や期限後申告などを勧められます。ただし、修正申告は義務ではありません。結果に納得のいかない場合は放棄することも可能です。ただ放棄しても結果が帳消しになるわけではないので、基本的には次項で説明する「更正処分」を受ける流れになります。指摘内容に異議がない場合には、速やかに対応するのが賢明でしょう。

【修正申告に対応しなかった場合】更正処分

修正申告などに対応しなかった場合には税務署長より更正または決定の処分が下され、更正または決定の通知が送付されます。納めた税額が多すぎた場合は還付手続きがされ、少なすぎた場合は足りていない分を納める流れになります。

処分内容に不服がある場合は、処分を受けた日の翌日から3カ月以内に、以下いずれかを行うことができます。

1) 税務署長等に対する再調査の請求
2) 国税不服審判所長に対する審査請求

なお更正処分が行える期間には決まりがあり、原則として、法定申告期限から5年間とされています。

参考:税務手続について(国税庁)

修正申告のタイミングで納税するのと更正処分のタイミングで納税するのとで納税額の計算方法は、おおよそ同じです。いずれの場合にも新たに納めることになった税額のほかに、その税額の10%の過少申告加算税、または35%の重加算税がかかります。どちらの税率がかかるかは、加算税の加重措置や軽減措置の適用があるかどうか次第で変わります。異議がない場合はできるだけ早めに対応しておくのがおすすめです。

参考:【申告が間違っていた場合】(国税庁)

万一のトラブルを減らすための帳簿管理のコツ

税務調査で受ける指摘は、専門的なものというよりも、「帳簿管理のミス」や「経費に関する知識が曖昧だった」など経理の基本的な知識不足によるものがほとんどです。すべてを自力で解決しようとせず、会計ソフトや専門家に頼ることを考えてみるとよいでしょう。

会計ソフトを活用する

社内で正確な知識を持って経理作業を行うのが理想ですが、中小企業や創業間もない企業の場合、経理の経験の少ない人材が経理処理を担当することもあるでしょう。個人事業主であれば、事業主が経理処理をすべて行うことも少なくありません。

経理について自信がない場合におすすめしたい方法が「会計ソフト」の活用です。会計の知識がなくても簡単に帳簿をつけられるものが多く、思いがけないミスの防止にも役立ちます。ま会計ソフトを使いながら徐々に用語やデータの処理に慣れ、経理知識を身につけていくこともできるでしょう。また、売り上げや経費の状況も自動で計算されるので、経営状況の把握にも役立ちます。便利なツールはできるだけ活用して、経理業務の効率化と精度向上を図りましょう。

専門家に相談する

個人事業主の中には顧問税理士を依頼せずに自分で経理・会計処理をしているという人もいることでしょう。特に経理が苦手、税務調査が不安という人は、思い切って顧問税理士を雇うことを考えてもよいでしょう。顧問税理士を依頼すると少なくない費用が発生しますが、確実に税務処理を行い、不安を解消して事業に専念するための必要経費と考えることもできます。

いきなり顧問税理士を雇うのには戸惑いを感じるというという人は、地域の税務署や税理士会に相談してみるとよいかもしれません。税務署や税理士会というと硬いイメージを持つ人もいるかもしれませんが、無料で相談会や指導をしていることもあります。

税務署に相談できる内容は?電話など相談方法も解説」の記事では、税務署に相談できる内容について詳しく触れているので、ぜひ参考にしてください。

税務調査を理解すれば、恐れる心配はない

税務調査は、あくまで申告の内容を確認するためのものですから、故意の脱税を行っていない場合には不安に思う必要はありません。もちろん、申告内容に不備があった場合は追徴課税などがありますが、それは払うべき税金を納めるだけのことであり、重い罰則が課せられるわけではありません。事業を営んでいればミスは誰にでもあることです。

税務調査の本質と流れを理解して、いざというときにもあわてずに対応できるように準備しておきましょう。経理・会計業務やその知識に不安がある場合は、会計ソフトを導入したり、専門家に相談したりすることをおすすめします。

Squareで経理・会計業務の負担を軽減

この記事では、起業、あるいは開業をしている場合、税務調査が入る可能性がなきにしもあらずだということがわかりました。そこで日頃から細心の注意を払いたいのは、帳簿管理のミスを防ぐことです。帳簿付けは手作業で行っていると、気づかないうちに漏れてしまう情報も出てくるかもしれません。最近では会計処理をある程度自動化できるツールも豊富にあるため、手間とミスを同時に減らすためにも、導入を検討してみるといいでしょう。

さまざまな規模のビジネスや業種に便利な決済サービスとして挙げられるのが、Squareです。

Squareで利用できる決済機能は、以下のとおりです。

帳簿付けに関連する部分でいうと、Squareは会計ソフトに連携ができます。具体的にはfreeeまたはマネーフォワードとの連携が可能です。連携の設定をあらかじめにしておけば、キャッシュレスで受け付けた決済情報はすべて自動で会計ソフトに反映されるようになります。日々のキャッシュレス決済の売り上げに関しては、帳簿付けが漏れてしまう心配がまるっと削減できるでしょう。

上記の会計ソフト以外を利用している場合にも役に立つ機能があります。売上情報をCSVデータとしてダウンロードできる機能です。この機能を活用すると、情報を一括で表計算ソフト(Microsoft Excel、Google スプレッドシート)などで確認できるようになります。必要なデータだけが抽出されるよう日にちや決済方法などを絞り込んで、ダウンロードすることもできます。CSVデータを取り込める会計ソフトも少なくないので、利用しているサービスで可能かどうか確認してみるといいでしょう。詳しくは「確定申告に便利なレポートをダウンロードしてみましょう!」の記事からも確認できます。

詳しくは以下の記事もあわせてご確認ください。

▶️【Squareガイド】Squareとクラウド会計ソフトを連携できる?

また、Squareならアカウントにログインするだけでリアルタイムの売り上げを把握できるうえ、過去の売り上げと比較し、事業の状態を時系列で把握することもできます。データはクラウド上に安全に保管されているので、突然税務調査の通知があってもすぐに必要資料の準備に取り掛かれます。Squareの無料アカウントを作成するだけで使える機能も豊富にあるため、まずは操作方法などを試してみてもいいでしょう。

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本記事では税務調査について帳簿管理のコツとともに説明しました。税務調査を漠然と恐れるのではなく、どのような調査なのか、どう対応したらよいのか、日々できる備えは何なのかを知っておくと、税務調査が入ることになっても過度の不安を抱かずに調査を受けられるはずです。ぜひ本記事をきっかけに改めて税務調査について知り、会計ソフトやSquareのサービスを利用しつつ、適宜専門家のアドバイスを受けながら会計・経理業務を洗練させていきましょう。

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Squareのブログでは、起業したい、自分のビジネスをさらに発展させたい、と考える人に向けて情報を発信しています。お届けするのは集客に使えるアイデア、資金運用や税金の知識、最新のキャッシュレス事情など。また、Square加盟店の取材記事では、日々経営に向き合う人たちの試行錯誤の様子や、乗り越えてきた壁を垣間見ることができます。Squareブログ編集チームでは、記事を通してビジネスの立ち上げから日々の運営、成長をサポートします。

執筆は2019年9月25日時点の情報を参照しています。2024年2月6日に一部情報を更新しています。当ウェブサイトからリンクした外部のウェブサイトの内容については、Squareは責任を負いません。Photography provided by, Unsplash