税務調査とは？いつ来る、流れ、内容、期間、トラブル防止策解説

※本記事の内容は一般的な情報提供のみを目的にして作成されています。法務、税務、会計等に関する専門的な助言が必要な場合には、必ず適切な専門家にご相談ください。

「税務調査」と聞くと、どうしても身構えてしまうという経営者も多いのではないでしょうか。「税務調査」とは、確定申告の内容に対して税務署が行う調査のことです。万一申告内容に誤りが見つかると、追徴課税が発生する可能性もあります。

「税務調査は大企業が受けるもの」「中小企業や創業したての企業、個人事業主には縁遠い話だ」と思うかもしれませんが、決してそうとはいい切れません。いざというときに焦らず対応するためにも、税務調査の内容や流れを理解しておきましょう。

本記事では、税務調査の流れやトラブルにならないための帳簿管理のコツを説明します。

📝この記事のポイント

• 税務調査は、申告内容が正しいかを判断し、課税の公平を保つために行われる
• 売り上げや経費の変動が多かったり、現金取引が多い事業者は調査対象になりやすい
• 税務調査は決算期や確定申告後の半年～1年以内に実施されることが多い
• 調査対象は帳簿や通帳、会計ソフトなど事業に関するすべての資料
• Squareなら決済から会計連携までをスムーズに一元管理できる

目次

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• 税務調査とは？税務調査が入る理由は？
  ・税務調査とは？種類は？
  ・任意調査
  ・強制調査
  ・税務調査の理由
• 税務調査の対象になりやすい法人・個人事業主の特徴
  ・法人
  ・個人事業主
• 税務調査はいつ来る？お尋ねが届く時期
• 税務調査の流れ・内容と期間
  ・税務調査の流れと各種内容
  ・税務調査の期間
• 税務調査はどこまで調べるか
• 税務調査時に準備しておくべきもの
  ・法人と個人事業主が用意すべき書類
  ・【法人のみ】用意すべき書類
• 税務調査の際のよくある指摘事項
• 税務調査を受ける際のポイント
  ・税理士との事前打ち合わせ
  ・必要な書類はコピーしておく
  ・質問には正直に、質問されたことのみに答える
• 調査結果の2パターンと対応方法
  ・申告是認
  ・修正申告
• Squareで経理・会計業務の負担を軽減
• まとめ
• よくある質問
  ・税務調査はいつ来ますか？
  ・税務調査はどこまで調べますか？
  ・税務調査の期間はどれくらいですか？
  ・税務調査が入る理由は何ですか？

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税務調査とは？税務調査が入る理由は？

国税庁によると、税務調査とは「申告内容が正しいかどうかを帳簿書類などで確認し、申告内容に誤りが認められた場合や、申告する義務がありながら申告していなかったことが判明した場合に、是正を求めるもの」とされています¹。

税務調査にも任意調査と強制調査の2種類があり、税務調査の理由も含めて解説します。

税務調査とは？種類は？

税務調査とは、税務署が納税者の申告内容が正しいかどうかを確認するために行う調査のことです。国税庁が毎年発表している「法人税等の調査事績の概要」によると、過去5年間の調査実績は以下の通りです。

2019年²：約76,000件
2020年³：約25,000件
2021年⁴：約41,000件
2022年⁵：約62,000件
2023年⁶：約59,000件

過去5年間の推移を見ると、2020年・2021年は新型コロナウイルスの影響で実地調査件数が一時的に減少しましたが、コロナ前後の平均はおよそ年間65,000件程度で推移しています。つまり、調査件数自体は大きく減っておらず、税務署による確認業務は依然として継続的に行われています。

税務調査にはいくつかの形態がありますが、主に「任意調査」と「強制調査」の2種類に分けられます。

任意調査は、事前に通知があり、納税者の同意を前提に行われる、強制力を伴わない一般的な調査です。一方、強制調査は、脱税などの悪質なケースで裁判所の令状に基づいて行われる調査で、刑事事件に発展することもあります。

任意調査

「任意調査」とは、通常の申告内容を確認するために行われる一般的な調査で、明確な脱税の疑いがない納税者が対象になります。事前に調査が行われる旨の連絡が入るので、突然調査官が会社に押しかけることはありません。

といっても、調査の場で調査官が書類内容に関する質問をするので、黙秘や虚偽の報告などは許されません。調査官の質問によどみなく答えられるよう、しっかりと事前準備をしておきましょう。

強制調査

脱税の疑いが濃厚な場合に行われるのが「強制調査」です。いわゆる「マルサ」、国税局査察部が行う調査のことです。強制調査は脱税の隠蔽が悪質である場合や、脱税額がかなり大きいと想定される場合に、裁判所の令状をもって行われます。場合によっては、刑事告発に発展することもあります。

税務調査の理由

税務調査が行われる理由は、法令上「事前に通知すべき事項」には含まれていません⁷。つまり、税務署から調査の連絡を受けても、具体的な理由が伝えられない場合があります。

ただし、実際には「無作為」ではなく、国税庁のリスク分析や外部情報、取引先との整合性などの要素に基づいて選定されているケースがほとんどです。たとえば、次のような状況が見られる場合に、調査対象となる場合があります。

• 売り上げや経費の数値に不自然な変動がある
• 同業他社と比べて利益率が極端に高い、または低い
• 無申告や修正申告、申告遅延が繰り返されている
• 外部情報（取引先の申告内容など）との整合性が取れない
• 匿名通報や情報提供があった

税務調査の対象になりやすい法人・個人事業主の特徴

税務調査の目的は、適切に納税が行われているかどうかを確認するという点にあります。法人と個人事業主でそれぞれどのような場合に税務調査の対象になりやすくなるのかを分けて見ていきましょう。

法人

法人で税務調査の対象になりやすい特徴は、以下が想定できます。

• 売り上げが大きく増減している
• 消費税の還付を受けた
• 多額の経費が計上されている
• 事業所得の赤字が続いている（欠損金の繰越控除が続く場合）
• 消費税の課税対象となる売り上げが1,000万円ギリギリ

では、実際に税務調査が入る確率を見てみましょう。国税庁が発表した2023年分の申告件数と調査件数は、以下の通りです。

法人税の申告件数⁸：317万6,000件
実地調査の実施件数⁶：約5万9,000件

上記の件数をもとにすると、税務調査が入る確率は単純計算で約1.9％と、おおよそ50件に1件という計算になります。

※調査は、令和5年2月1日から令和6年1月31日までの間に事業年度が終了した法人を対象に令和5年7月から令和6年6月までの間に実施した実地調査を集計したものです。

個人事業主

個人事業主は、以下の場合に税務調査が入る可能性があります。

• 税務申告をしていない
• 売り上げが大きく増減している
• 申告内容に不審な点がある（たとえば「確定申告書と取引先の支払調書で取引金額に差異がある」「売り上げに対して経費が多すぎる」など）

国税庁が発表した2023年分の申告件数と特別調査や一般調査の件数は、以下の通りです。

申告件数（個人事業主以外の給与所得者も含む）⁹：約668万7,000件
特別調査・一般調査件数¹⁰：約3万7,000件

上記の件数をもとに計算すると、個人が税務調査を受ける確率は、単純計算で約0.6％になります。実際には、事業所得を有する個人事業主のみを対象とした場合、この割合はもう少し高くなると考えられます。件数は少ないですが、油断は大敵です。確率などは問わず、上記の点に当てはまると税務調査が入りやすくなる、と意識しておくといいでしょう。

税務調査はいつ来る？お尋ねが届く時期

「税務調査がいつ来るか」という明確な決まりがありませんが、以下の傾向があります。

• 決算期が2月から5月の場合は、傾向として7月から12月までに入ることが多い
• 決算期が6月から1月の場合は、傾向として1月から6月までに入ることが多い
• 個人事業主の場合、確定申告時期である1月から3月の実施は少ない

税務署で確定申告書や決算書の確認が行われたあとに、税務調査が実施されるケースが多いと考えておくといいかもしれません。

税務調査の流れ・内容と期間

税務調査は、ある日突然行われるわけではなく、事前の連絡から結果通知まで、いくつかの段階を経て行われます。一般的な任意調査の流れと内容、そして調査にかかる期間の目安をあらかじめ理解しておくことで、慌てずに対応できるようになります。

税務調査の流れと各種内容

税務調査が行われる流れと工程は以下の通りです。

1.事前通知と日程調整：税務署から電話で連絡が入り、日程を調整。税理士が代理で対応する場合もある
2.書類などの事前準備：帳簿・領収書・請求書・通帳の写し・契約書などを整理しておく
3.実地調査：通常1〜3日で実施。事業内容の確認、帳簿の照合、仕訳の確認などを行う
4.調査結果の報告：1カ月ほどで結果通知。修正申告や口頭指導、追徴課税が発生する場合もある

税務調査の期間

税務調査の実施期間は事業規模によって前後しますが、1〜3日間が一般的です。調査結果の通知はおおむね1カ月前後ですが、事業が複雑な場合や他税目が関係する場合は2〜3カ月かかることもあります。

税務調査はどこまで調べるか

国税庁によると、調査は「社会通念上、相当と認められる範囲」で実施され、納税者の理解と協力を得ながら進められます⁷。

実際の調査対象は幅広く、帳簿や領収書などの紙の書類だけでなく、銀行口座の明細やクレジットカードの利用履歴、会計ソフトやクラウド上のデータなど、事業に関するあらゆる資料が確認されます。

対象となる税金は、所得税・法人税のほか、消費税・源泉所得税・印紙税など、事業に関わるすべての税目です。通常は過去3年分の資料を確認しますが、不正が疑われる場合には最大7年分までさかのぼる場合があります。

また、税務調査官には必要な資料の提示や説明を求める質問検査権があり、納税者は質問に応じる受忍義務（調査協力義務）があります。つまり、調査の際に帳簿や契約書などの提出を求められた場合、正当な理由がない限り拒否できません。

税務調査時に準備しておくべきもの

税務調査時には、事業のお金の流れに関する資料や、取引の内容が確認できるような資料の提出を求められます。調査の連絡があったら、以下の資料を準備しておきましょう。また、経理担当者のパソコンの中も確認し、整理しておくことをおすすめします。

法人と個人事業主が用意すべき書類

法人でも個人事業主でも用意しておきたい書類は以下のとおりです。

• 総勘定元帳、仕訳帳などの帳簿類
• 帳簿作成の元となる資料（領収書、請求書、小切手控、預金通帳など）
• 請求書、納品書
• 契約書（電子契約書やクラウド署名データも含む）
• 稟議書（りんぎしょ）
• 議事録

など

【法人のみ】用意すべき書類

法人の場合は、以下の書類も用意しておきましょう。

• 登記簿
• 定款
• 株主総会議事録

など

帳簿などの書類には5年¹¹から長い場合で10年¹²の保存期間の規定があります。資料の種類、企業か個人か、その他の条件によっても保存期間は異なります。

税務調査の際のよくある指摘事項

税務調査でよくある指摘事項としては、次のものが挙げられます。

• 収益や費用の属する時期がずれている
• 減価償却資産を一括して計上している（資本的支出を修繕費として一括計上している）
• 事業と関係のない交際費を計上している
• 外注実績がないのに外注費を計上している

現状の経理処理に不安のある人や、税務調査の連絡があって不安だという人は、上記の内容を中心にセルフチェックしてみるとよいでしょう。詳しくは後述しますが、誤りに気づいた場合は、税務調査が始まる前に自分で修正申告を行うと、過少申告加算税（通常10％）が軽減または課されない場合もあります。

税務調査は、税法の知識が必要な難しい指摘が多いのではと思う人もいるかもしれませんが、実際の指摘事項は専門知識がなくても理解しやすいものです。わからないことや納得できないことがあれば、調査官に質問もできます（一部には専門的判断を要する指摘もあります）。自分で適切な対応ができるか不安がある場合には、顧問税理士に立ち会いを依頼するのも一つの手です。

税務調査を受ける際のポイント

税務調査を受ける場合、以下のポイントに注意するとよいでしょう。

• 顧問税理士がいる場合には事前に打ち合わせしておく
• 必要な書類は必ずコピーしておく
• 質問には正直に、質問されたことのみに答える

詳しく見ていきましょう。

税理士との事前打ち合わせ

顧問税理士がいる場合には、税務調査の連絡があったことを伝え、事前に打ち合わせをしておきましょう。専門家の立場から適切なアドバイスを得られるだけでなく、精神的な安心感にもつながります。顧問税理士がいない場合は、すでに触れた内容を参考に必要書類を用意しましょう。嘘偽りなく申告を行ったのであれば、過度に不安を感じる必要はありません。

必要な書類はコピーしておく

税務調査の際、調査官が資料を税務署に持ち帰って調べたいと申し出るケースもあります。手元にないと困る資料がある場合、コピーやスキャンをして準備しておくとよいでしょう。さらに、普段から重要資料のバックアップをとるようにする、クラウドベースのサービスを利用してデータを保存しておくなどするとより安心です。

質問には正直に、質問されたことのみに答える

実際に税務調査を受けるにあたっては、質問には正確かつ正直に、質問されたことにのみ答えましょう。質問に曖昧に答えたり、質問と関係のないことを話したりすると、余計な嫌疑をかけられる可能性もあります。

調査結果の2パターンと対応方法

税務調査が終わると、結果報告があります。申請内容に不備がないと認められれば「申告是認」、不備があれば「修正申告」を勧められます。詳しく見ていきましょう。

申告是認

調査の結果、申告内容に不備がないと認められたケースを「申告是認」といいます。申告是認の結果を受けると、「申告是認通知書」が書面で届きます。申告是認通知書を受理して、正式に調査は終了します。

修正申告

申告内容に誤りがある場合、申告漏れがあった場合には調査官より修正申告や期限後申告などを勧められます。ただし、修正申告は義務ではありません。結果に納得のいかない場合は修正申告に応じないことも可能です。ただ放棄しても結果が帳消しになるわけではないので、基本的には次項で説明する「更正処分」を受ける流れになります。

指摘内容に意義がない場合には、速やかに対応するのが賢明でしょう。

【修正申告に対応しなかった場合】更正処分

修正申告などに対応しなかった場合には、税務署長より更正または決定の処分が下され、更正または決定の通知が送付されます。納めた税額が多すぎた場合は還付手続きがされ、少なすぎた場合は足りていない分を納める流れになります。

処分内容に不服がある場合は、処分を受けた日の翌日から3カ月以内に、以下のいずれかを実行できます。

1.税務署長等に対する再調査の請求
2.国税不服審判所長に対する審査請求

なお、更正処分が行える期間には決まりがあり、原則として法定申告期限から5年間、不正行為がある場合は7年間とされています¹³。

修正申告のタイミングで納税するのと、更正処分のタイミングで納税するのとで納税額の計算方法は、おおよそ同じです。いずれの場合にも新たに納めることになった税額のほかに、その税額の通常10％の過少申告加算税、または通常35％の重加算税がかかります¹⁴。どちらの税率がかかるかは、加算税の加重措置や軽減措置の適用があるかどうか次第で変わります。

異議がない場合はできるだけ早めに対応しておくのがおすすめです。さらに、納付が遅れた期間に応じて延滞税が発生します。

Squareで経理・会計業務の負担を軽減

起業、あるいは開業をしている場合、税務調査が入る可能性はゼロではありません。そこで日頃から細心の注意を払いたいのは、帳簿管理のミスを防ぐことです。帳簿付けは手作業で行っていると、気づかないうちに漏れてしまう情報も出てくるかもしれません。

最近では会計処理をある程度自動化できるツールも豊富にあるため、手間とミスを同時に減らすためにも、導入を検討してみるといいでしょう。

決済サービスのSquareを活用すれば、決済から会計連携までをスムーズに一元管理でき、税務調査への備えにも役立ちます。

Squareで利用できる決済機能は、以下のとおりです。

• 対面でのキャッシュレス決済
• ネットショップの構築・運営
• SNSでの販売に便利なリンク決済
• クラウド請求書機能

帳簿付けに関連する部分でいうと、Squareは会計ソフトに連携ができます。具体的にはfreeeまたはマネーフォワードとの連携が可能です。連携の設定をあらかじめしておけば、Squareで受け付けた決済情報はすべて自動で会計ソフトに反映されるようになります。日々の売り上げに関しては、帳簿付けが漏れてしまう心配がまるっと削減できるでしょう。

上記の会計ソフト以外を利用している場合にも役に立つ機能があります。売上情報をCSVデータとしてダウンロードできる機能です。この機能を活用すると、情報を一括で表計算ソフト（Microsoft Excel、Google スプレッドシート）などで確認できます。

必要なデータだけが抽出されるよう日にちや決済方法などを絞り込んで、ダウンロードすることもできます。CSVデータを取り込める会計ソフトも少なくないので、利用しているサービスで可能かどうか確認してみるといいでしょう。詳しくは「確定申告に便利なレポートをダウンロードしてみましょう！」の記事からも確認できます。

▶️クラウド会計ソフトとの​連携方法

また、Squareならアカウントにログインするだけでリアルタイムの売り上げを把握できるうえ、過去の売り上げと比較し、事業の実態を時系列で把握することもできます。データはクラウド上に安全に保管されているので、突然税務調査の通知があってもすぐに必要資料の準備に取り掛かれます。

Squareの無料アカウントを作成するだけで使える機能も豊富にあるため、まずは操作方法などを試してみてもいいでしょう。

まとめ

税務調査とは、申告内容の正確性を確認し、適正・公平な課税を保つために行われるものです。調査するタイミングは決算期や確定申告後の半年〜1年以内に実施されることが多く、一般的に1〜3日間を要します。

帳簿や通帳、契約書や会計ソフトのデータなど、事業に関するすべての資料が確認対象となるため、日頃から記帳・資料保存を徹底し、指摘を受けた際は誠実に対応することが重要です。

よくある質問

税務調査はいつ来ますか？

税務調査は、決算や確定申告後の半年〜1年以内に行われることが多く、傾向として7月〜11月がピークです。突然来るケースは少なく、通常は事前に電話などで日程調整があります。

税務調査はどこまで調べますか？

帳簿や領収書だけでなく、通帳・クレジットカード明細・会計ソフトのデータなど、事業に関するすべての資料が対象です。不正の疑いがある場合は、最長で過去7年分まで遡って調査されることもあります。

税務調査の期間はどれくらいですか？

実地調査は1〜3日間が一般的で、事業規模や内容によって前後します。調査結果の通知までは、おおむね1カ月前後かかります。

税務調査が入る理由は何ですか？

税務調査の理由は法令上明示されませんが、売り上げや経費の不自然な変動、申告漏れ、現金取引の多さなどがきっかけとなる場合があります。

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Squareのブログでは、起業したい、自分のビジネスをさらに発展させたい、と考える人に向けて情報を発信しています。お届けするのは集客に使えるアイデア、資金運用や税金の知識、最新のキャッシュレス事情など。また、Square加盟店の取材記事では、日々経営に向き合う人たちの試行錯誤の様子や、乗り越えてきた壁を垣間見ることができます。Squareブログ編集チームでは、記事を通してビジネスの立ち上げから日々の運営、成長をサポートします。

執筆は2019年9月25日時点の情報を参照しています。2025年11月17日に一部情報を更新しています。当ウェブサイトからリンクした外部のウェブサイトの内容については、Squareは責任を負いません。