税務調査とは?​実際の​流れと​トラブルを​防ぐ帳簿管理の​コツ

「税務調査」と​聞くと​どうしても​身構えてしまうと​いう​経営者も​多いのではないでしょうか。​「税務調査」とは、​確定申告の​内容に​対して​税務署が​行う​調査の​ことです。​万一申告内容に​誤りが​見つかると、​追徴課税が​発生する​可能性も​あります。

経営者の​中には、​「税務調査は​大企業が​受ける​もの」​「中小企業や​創業したての​企業、​個人事業主には​縁遠い話だ」と​思っている​人も​いるかもしれませんが、​決して​そうとは​いい​切れません。​いざと​いう​ときに​焦らず​対応する​ためにも、​税務調査の​内容や​流れを​理解しておくに​こした​ことは​ありません。​知識が​あって​適切な​帳簿管理が​できていれば、​過分に​恐れる​ことはないのです。

本記事では​税務調査の​流れや​トラブルにならないための​帳簿管理の​コツを​説明します。

目次


税務調査とは

税務調査とは、​税務署が​納税者の​申告内容が​正しいか​どうかを​確認する​ために​行う​調査の​ことです。​国税庁が​毎年​公表している​「法人税等の​調査事績の​概要」に​よると、​法人に​対する​実地調査件数は、​2018年が​99,000件、​2019年が​76,000件、​2020年が​25,000件、​2021年が​41,000件、​2022年が​62,000件です。

実地調査件数は​減少傾向に​ありますが、​単純に​税務調査自体が​行われなくなっていると​みなす​ことは​できず、​新型コロナウイルスの​影響で、​調査件数が​減少した​ことを​考慮しなければいけません。​また、​調査件数は​減少していますが、​1件あたりの​追徴税額は​増加傾向に​あります。

参考:
令和元事務年度 法人税等の​調査事績の​概要(2020年11月、​国税庁)
令和2事務年度 法人税等の​調査事績の​概要(2021年11月、​国税庁)
令和3事務年度 法人税等の​調査事績の​概要(2022年11月、​国税庁)
令和4事務年度 法人税等の​調査事績の​概要(2023年11月、​国税庁)

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税務調査の​種類

税務調査には、​大きく​分けて​「任意調査」と​「強制調査」の​2種類が​あります。

任意調査

「任意調査」とは、​脱税などの​疑いのない、​普通の​企業を​対象に​行われる​調査です。​事前に​調査が​行われる​旨の​連絡が​入るので、​突然調査官が​会社に​押しかけると​いう​ことは​ありません。​と​いっても、​調査の​場で​調査官が​書類内容に​関する​質問を​するので、​黙秘や​虚偽の​報告などは​許されません。​調査官の​質問に​よどみなく​答えられるよう、​しっかりと​事前準備を​して​おきましょう。

強制調査

脱税の​疑いが​濃厚な​場合に​行われるのが​「強制調査」です。​いわゆる​「マルサ」、​国税局査察部が​行う​調査の​ことです。​強制調査は​脱税の​隠蔽が​悪質である​場合や、​脱税額が​かなり​大きいと​想定される​場合に、​裁判所の​令状を​もって​行われます。

税務調査の​実施時期

税務調査の​実施時期に​特に​決まりは​ありません。​ただ​傾向と​しては​以下が​挙げられるようです。

  • 確定申告時期の​実施は​少ない
  • 決算期が​2月から​5月の​場合は、​7月から​12月までに​入る​ことが​多い
  • 決算期が​6月から​1月の​場合は、​1月から​6月までに​入る​ことが​多い

税務署で​確定申告書や​決算書の​確認が​行われた​あとに、​税務調査が​実施される​ケースが​多いと​考えておくと​いいかもしれません。

税務調査の​対象に​なりやすい法人・個人事業主の​特徴

税務調査の​目的は、​適切に​納税が​行われているかどうかを​確認すると​いう​点に​あります。​法人と​個人事業主で​それぞれどのような​場合に​税務調査の​対象に​なりやすくなるのかを​分けて​見ていきましょう。

法人

法人の​場合は、​以下が​想定できます。

  • 売り​上げが​大きく​増減している
  • 消費税の​還付を​受けた
  • 多額の​経費が​計上されている
  • 事業所得の​赤字が​続いている
  • 消費税の​課税対象となる​売り​上げが​1,000万円ギリギリ

実際に​どれくらいの​確率で​税務調査が​入るのかは​気になる​ところでしょう。

2022年7月31日までに​申告が​あった​法人税の​申告件数と、​2021年の​事務年度に​実地調査​(注)が​行われた​件数を​参考までに​見てみましょう。

法人税の​申告件数:306万5,000件
実地調査の​実施件数:41,000件

この​件数を​もとに​すると、​税務調査が​入る​確率は​1.3%と、​おおよそ100件中1件と​いう​計算に​なります。

注:調査は、​2021年2月​1日から​2022年1月31日までの​間に​事業年度が​終了した​法人が​対象です。

参考:
令和3事務年度 申告所得金額の​総額は​79兆5千億円で​過去最高​(2022年11月2日、​日税ジャーナルオンライン)
令和3事務年度法人税等の​調査事績の​概要​(国税庁)

個人事業主

個人事業主だと、​以下の​場合に​税務調査が​入る​可能性が​あります。

  • 税務申告を​していない
  • 売り​上げが​大きく​増減している
  • 申告内容に​不審な​点が​ある​(たとえば​「確定申告書と​取引先の​支払調書で​取引金額に​差異が​ある」 ​「売り上げに​対して​経費が​多すぎる」など)

2021年分の​申告件数と​特別調査や​一般調査の​件数を​見ると、​以下の​通りでした。

申告件数​(個人事業主以外の​給与所得者も​含む)​:656万9,000件
特別調査・​一般調査件数:2万4,000件

上記の​件数を​もとに​計算すると、​個人が​これらの​調査を​受ける​確率は​0.3%に​なります。​件数は​少ないですが、​油断は​大敵です。​確率などは​問わず、​上記の​点に​当てはまると​税務調査が​入りやすくなる、と​意識しておくと​いいでしょう。

参考:
令和3事務年度 所得税及び消費税調査等の​状況​(国税庁)
申告納税者数、​所得金額及び税額の​概要​(国税庁)

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税務調査の​流れと​日数

実際の​税務調査は​どのような​流れで​行われるのでしょうか。​ここでは​任意調査に​しぼって​その​流れを​簡単に​説明します。

事前通知と​日程調整

税務署より​電話で​事前通知を​受ける​ことが​一般的です。​申告書に​税務代理権限証書を​添付していた​場合は、​税理士に​連絡が​入ります。​日程調整を​し、​いつ税務調査を​受けるかが​決まります。​基本的には​事業主の​都合の​いい​日程での​調整が​可能です。

書類などの​事前準備

当日を​迎えるまでに​書類を​事前に​準備して​おきましょう。​用意しておいた​ほうが​いい​書類に​ついて​詳しくは​「税務調査時に​準備しておくべき​もの」の​章で​紹介しています。

実地調査

税務調査は​1日から​3日​(事業の​規模で​変わります)の​スケジュールで​行われるのが​一般的です。

税務調査で​まず​行われるのは、​事業内容の​確認です。​取引先の​状況や​役員の​情報を​確認される​ことも​あります。​合わせて、​帳簿の​チェック、​領収書と​帳簿の​付け合せ、​仕分けの​確認などが​行われます。​すべての​確認が​終わった​あと、​指摘事項を​申し渡されます。

調査結果の​報告

税務調査の​結果は、​長くて​3カ月ほど​かかる​ことも​あるようですが、​基本的には​調査から​1カ月ほどで​連絡が​あるのが​一般的です。​指摘の​状況に​よって、​修正申告が​求められる​場合と、​指導でとどまる​ケースが​あります。​結果に​よっては、​追徴課税が​求められる​ことも​あります。​詳しくは​「調査結果の​2パターンと​対応方法」の​章で​触れています。

税務調査時に​準備しておくべき​もの

税務調査時には、​事業の​お金の​流れに​関する​資料や、​取引の​内容が​確認できるような​資料の​提出を​求められます。​調査の​連絡が​あったら、​以下の​資料を​準備して​おきましょう。​また、​経理担当者の​パソコンの​中も​確認し、​整理しておく​ことを​おすすめします。

法人と​個人事業主が​用意すべき​書類

法人でも​個人事業主でも​用意して​おきたい​書類は​以下のと​おりです。

  • 総勘定元帳、​仕訳帳などの​帳簿類
  • 帳簿作成の​元となる​資料​(領収書、​請求書、​小切手控、​預金通帳など)
  • 請求書、​納品書
  • 契約書
  • 稟議書​(りんぎしょ)
  • 議事録
    など

【法人の​み】用意すべき​書類

法人の​場合は​さらに​以下も​用意して​おきましょう。

  • 登記簿
  • 定款
  • 株主総会議事録
    など

帳簿などの​書類には​5年から​長い​場合で​10年の​保存期間の​規定が​あります。​資料の​種類、​企業か​個人か、​その他の​条件に​よっても​保存期間は​異なります。

参考:
​記帳や​帳簿等保存・青色申告|国税庁
帳簿書類等の​保存期間|国税庁

税務調査の​際の​注意点

税務調査では、​帳簿の​内容や​領収書の​中身などが​細かく​確認されます。​具体的に​何年分の​資料を​チェックされるのか、​よく​ある​指摘には​どのような​ものが​あるのかを​見ていきましょう。

何年分チェックされる?

税務調査では​過去数年分の​資料の​提出が​求められる​ことが​あります。​税務署からの​指示に​基づいて、​少なくとも​直近5年分程度の​資料は​すぐに​用意できるように​準備して​おきましょう。

よく​ある​指摘事項

よく​ある​指摘事項と​しては、​次の​ものが​挙げられます。

  • 収益や​費用の​属する​期が​ずれている
  • 減価償却資産を​一括して​計上している
  • 事業と​関係のない​交際費を​計上している
  • 外注実績が​ないのに​外注費を​計上している

現状の​経理処理に​不安が​ある​人や、​税務調査の​連絡が​あって​不安だと​いう​人は、​このような​内容を​中心に​セルフチェックしてみると​よいでしょう。​詳しくは​後述しますが、​申告内容に​誤りが​あった​場合には、​税務調査前に​自分で​修正申告を​行う​ことで​ペナルティを​減らす​ことができます。

税務調査と​いう​ことで、​税法の​知識が​必要な​難しい​指摘が​多いのではと​不安に​思う​人も​いるかもしれませんが、​実際の​指摘事項は​専門知識がなくても​理解しやすい​ものです。​わからない​ことや​納得できない​ことが​あれば、​調査官に​質問も​できます。​自分で​適切な​対応が​できるか​不安が​ある​場合には、​顧問税理士に​立ち会いを​依頼するのも​一つの​手です。

税務調査を​受ける​際の​ポイント

税務調査を​受ける​ことになったら、​以下の​ポイントに​注意すると​よいでしょう。

  • 顧問税理士が​いる​場合には​事前に​打ち合わせしておく
  • 必要な​書類は​必ずコピーしておく
  • 質問には​正直に、​質問された​ことのみに​答える

詳しく​見ていきましょう。

税理士との​事前打ち合わせ

顧問税理士が​いる​場合には、​税務調査の​連絡が​あった​ことを​伝え、​事前に​打ち合わせを​して​おきましょう。​専門家の​立場から​適切な​アドバイスを​得られるだけでなく、​精神的な​安心感に​も​つながります。​顧問税理士が​いない​場合は、​すでに​触れた​内容を​参考に​必要書類を​用意しましょう。​嘘偽りなく​申告を​行ったのであれば、​過度に​不安を​感じる​必要は​ありません。

必要な​書類は​コピーしておく

税務調査の​際、​調査官が​資料を​税務署に​持ち帰って​調べたいと​申し出る​ケースも​あります。​手元に​ないと​困る​資料が​ある​場合、​コピーや​スキャンを​して​準備を​しておくと​よいでしょう。​さらに、​普段から​重要資料の​バックアップを​とるようにする、​クラウドベースの​サービスを​利用して​データを​保存しておくなどすると​より​安心です。

質問には​正直に、​質問された​ことのみに​答える

実際に​税務調査を​受けるに​あたっては、​質問には​正確かつ正直に、​質問された​ことにのみ答えてください。​質問に​曖昧に​答えたり、​質問に​関係のない​ことを​話したりすると、​余計な​嫌疑を​かけられる​可能性も​あります。

「経営者と​して​自身の​事業に​ついて​知っている​ことを​話すだけ」​「申告は​可能な​限り正確かつ正直に​行った」と​考えると​緊張や​不安に​思う​気持ちを​落ち着けられる​ことでしょう。

調査前に​申告内容に​誤りが​ある​ことが​わかったら

税務調査の​連絡が​あり、​税務調査を​受ける​準備を​するなかで、​過去の​書類に​ミスが​見つかるかもしれません。​このような​場合には​税務調査の​前に​自分から​過少申告に​ついての​修正申告を​する​ことを​おすすめします。

申告内容に​不備が​あると​追徴課税が​発生します。​過少申告や​未納付が​あった​場合には​ペナルティと​して​「加算税」が​課せられます。​加算税にもいく​つか​種類が​ありますが、​たとえば​申告額が​少なかった​場合に​課せられる​「過少申告加算税」の​税額は​原則10%です。​しかし、​税務調査の​前に​修正申告を​行った​場合は、​加算税の​対象にならない​可能性が​高くなります。​事前通知後でも​調査終了前に​修正申告を​行った​場合でも​税(原則5%)が​軽減されます。

申告に​間違いが​ないのが​望ましいですが、​予期せぬ間​違いが​起こる​可能性も​あります。​もし事前通知を​受けたら、​社内で​申告内容を​再度確認し、​迅速に​不備に​対応できるようにして​おきましょう。

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調査結果の​2パターンと​対応方法

税務調査が​終わると、​結果​報告が​あります。​申請内容に​不備が​ないと​認められれば​「申告是認」、​不備が​あれば​「修正申告」を​勧められます。​詳しく​見ていきましょう。

申告是認

調査の​結果、​申告内容に​不備が​ないと​認められた​ケースを​「申告是認」と​いいます。​この​結果を​受けると、​「申告是認通知書」が​書面で​届きます。​申告是認通知書を​受理して、​正式に​調査は​終了します。

修正申告

申告内容に​誤りが​ある​場合、​申告漏れが​あった​場合には​調査官より​修正申告や​期限後申告などを​勧められます。​ただし、​修正申告は​義務では​ありません。​結果に​納得の​いかない​場合は​放棄する​ことも​可能です。​ただ​放棄しても​結果が​帳消しに​なるわけではないので、​基本的には​次項で​説明する​「更正処分」を​受ける​流れに​なります。​指摘内容に​異議が​ない​場合には、​速やかに​対応するのが​賢明でしょう。

【修正申告に​対応しなかった​場合】更正処分

修正申告などに​対応しなかった​場合には​税務署長より​更正または​決定の​処分が​下され、​更正または​決定の​通知が​送付されます。​納めた​税額が​多すぎた​場合は​還付手​続きが​され、​少な​すぎた​場合は​足りていない​分を​納める​流れに​なります。

処分内容に​不服が​ある​場合は、​処分を​受けた日の​翌日から​3カ月以内に、​以下いずれかを​行う​ことができます。

1) 税務署長等に​対する​再調査の​請求
2) 国税不服審判所長に​対する​審査請求

な​お更正処分が​行える​期間には​決まりが​あり、​原則と​して、​法定申告期限から​5年間と​されています。

参考:税務手続に​ついて​(国税庁)

修正申告の​タイミングで​納税するのと​更正処分の​タイミングで​納税するのとで​納税額の​計算方法は、​おおよそ同じです。​いずれの​場合にも​新たに​納める​ことになった​税額の​ほかに​、その税額の​10%の​過少申告加算税、​または​35%の​重加算税が​かかります。​どちらの​税率が​かかるかは、​加算税の​加重措置や​軽減措置の​適用が​あるかどうか​次第で​変わります。​異議が​ない​場合は​できるだけ​早めに​対応しておくのが​おすすめです。

参考:【申告が​間違っていた​場合】​(国税庁)

万一の​トラブルを​減らすための​帳簿管理の​コツ

税務調査で​受ける​指摘は、​専門的な​ものと​いう​よりも、​「帳簿管理の​ミス」や​「経費に​関する​知識が​曖昧だった」など​経理の​基本的な​知識不足に​よる​ものが​ほとんどです。​すべてを​自力で​解決しようと​せず、​会計ソフトや​専門家に​頼る​ことを​考えてみると​よいでしょう。

会計ソフトを​活用する

社内で​正確な​知識を​持って​経理作業を​行うのが​理想ですが、​中小企業や​創業間もない​企業の​場合、​経理の​経験の​少ない​人材が​経理処理を​担当する​ことも​あるでしょう。​個人事業主で​あれば、​事業主が​経理処理を​すべて​行う​ことも​少なく​ありません。

経理に​ついて​自信が​ない​場合に​おすすめしたい​方法が​「会計ソフト」の​活用です。​会計の​知識がなくても​簡単に​帳簿を​つけられる​ものが​多く、​思いがけない​ミスの​防止にも​役立ちます。​ま会計ソフトを​使いながら​徐々に​用語や​データの​処理に​慣れ、​経理知識を​身に​つけていく​こともできるでしょう。​また、​売り​上げや​経費の​状況も​自動で​計算されるので、​経営状況の​把握にも​役立ちます。​便利な​ツールは​できるだけ​活用して、​経理業務の​効率化と​精度向上を​図りましょう。

専門家に​相談する

個人事業主の​中には​顧問税理士を​依頼せずに​自分で​経理・会計処理を​していると​いう​人も​いる​ことでしょう。​特に​経理が​苦手、​税務調査が​不安と​いう​人は、​思い​切って​顧問税理士を​雇う​ことを​考えても​よいでしょう。​顧問税理士を​依頼すると​少なくない​費用が​発生しますが、​確実に​税務処理を​行い、​不安を​解消して​事業に​専念する​ための​必要経費と​考える​こともできます。

いきなり顧問税理士を​雇うのには​戸惑いを​感じると​いうと​いう​人は、​地域の​税務署や​税理士会に​相談してみると​よいかもしれません。​税務署や​税理士会と​いうと​硬いイメージを​持つ​人も​いるかもしれませんが、​無料で​相談会や​指導を​している​ことも​あります。

税務署に​相談できる​内容は​?​電話など​相談方法も​解説」の​記事では、​税務署に​相談できる​内容に​ついて​詳しく​触れているので、​ぜひ参考に​してください。

税務調査を​理解すれば、​恐れる​心配は​ない

税務調査は、​あくまで​申告の​内容を​確認する​ための​ものですから、​故意の​脱税を​行っていない​場合には​不安に​思う​必要は​ありません。​もちろん、​申告内容に​不備が​あった​場合は​追徴課税などが​ありますが、​それは​払うべき税金を​納めるだけの​ことで​あり、​重い​罰則が​課せられるわけでは​ありません。​事業を​営んでいれば​ミスは​誰に​でもある​ことです。

税務調査の​本質と​流れを​理解して、​いざと​いう​ときにも​あわてずに​対応できるように​準備して​おきましょう。​経理・会計業務や​その知識に​不安が​ある​場合は、​会計ソフトを​導入したり、​専門家に​相談したりする​ことを​おすすめします。

Squareで​経理・会計業務の​負担を​軽減

この​記事では、​起業、​あるいは​開業を​している​場合、​税務調査が​入る​可能性が​なきにしも​あらずだと​いう​ことが​わかりました。​そこで​日頃から​細心の​注意を​払いたいのは、​帳簿管理の​ミスを​防ぐ​ことです。​帳簿付けは​手作業で​行っていると、​気づかないうちに​漏れてしまう​情報も​出てくるかもしれません。​最近では​会計処理を​ある​程度​自動化できる​ツールも​豊富に​ある​ため、​手間と​ミスを​同時に​減らすためにも、​導入を​検討してみると​いいでしょう。

さまざまな​規模の​ビジネスや​業種に​便利な​決済サービスと​して​挙げられるのが、​Squareです。

Squareで​利用できる​決済機能は、​以下のと​おりです。

帳簿付けに​関連する​部分で​いうと、​Squareは​会計ソフトに​連携が​できます。​具体的には​freeeまたは​マネーフォワードとの​連携が​可能です。​連携の​設定を​あらかじめに​しておけば、​キャッシュレスで​受け付けた​決済情報は​すべて​自動で​会計ソフトに​反映されるようになります。​日々の​キャッシュレス決済の​売り上げに​関しては、​帳簿付けが​漏れてしまう​心配が​まるっと​削減できるでしょう。

上記の​会計ソフト以外を​利用している​場合にも​役に​立つ機能が​あります。​売上情報を​CSVデータと​して​ダウンロードできる​機能です。​この​機能を​活用すると、​情報を​一括で​表計算ソフト​(Microsoft Excel、​Google スプレッドシート)などで​確認できるようになります。​必要な​データだけが​抽出されるよう日に​ちや​決済方法などを​絞り込んで、​ダウンロードする​こともできます。​CSVデータを​取り込める​会計ソフトも​少なくないので、​利用している​サービスで​可能か​どうか​確認してみると​いいでしょう。​詳しくは​「確定申告に​便利な​レポートを​ダウンロードしてみましょう!」の​記事からも​確認できます。

詳しくは​以下の​記事も​あわせて​ご確認ください。

▶️【Squareガイド】Squareと​クラウド会計ソフトを​連携できる?

また、​Squareなら​アカウントに​ログインするだけで​リアルタイムの​売り上げを​把握できるうえ、​過去の​売り上げと​比較し、​事業の​状態を​時系列で​把握する​こともできます。​データは​クラウド上に​安全に​保管されているので、​突然税務調査の​通知が​あっても​すぐに​必要資料の​準備に​取り掛かれます。​Squareの​無料アカウントを​作成するだけで​使える​機能も​豊富に​ある​ため、​まずは​操作方法などを​試してみても​いいでしょう。

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本記事では​税務調査に​ついて​帳簿管理の​コツとともに​説明しました。​税務調査を​漠然と​恐れるのではなく、​どのような​調査なのか、​どう​対応したら​よいのか、​日々できる​備えは​何なのかを​知っておくと、​税務調査が​入る​ことになっても​過度の​不安を​抱かずに​調査を​受けられるはずです。​ぜひ本記事を​きっかけに​改めて​税務調査に​ついて​知り、​会計ソフトや​Squareの​サービスを​利用しつつ、​適宜専門家の​アドバイスを​受けながら会計・経理業務を​洗練させていきましょう。

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執筆は​2019年9月25日​時点の​情報を​参照しています。​2024年2月​6日に​一部情報を​更新しています。​当ウェブサイトから​リンクした​外部の​ウェブサイトの​内容に​ついては、​Squareは​責任を​負いません。​Photography provided by, Unsplash