インボイス制度の補助金とは？種類、受給要件、申請方法を解説

※本記事の内容は一般的な情報提供のみを目的にして作成されています。法務、税務、会計等に関する専門的な助言が必要な場合には、必ず適切な専門家にご相談ください。

インボイス制度を導入した事業者をサポートする補助金は、ビジネスの継続や発展に役立ちます。この記事では、小規模事業者持続化補助金、IT導入補助金、ものづくり補助金、事業承継・M&A補助金といったインボイス発行事業者が使える補助金の種類や、補助金がもらえる条件、申請方法などをわかりやすく解説します。

なお、当記事で紹介する補助金の金額や申請条件などの詳細は2025年12月時点の情報に基づいています。申請の際は、補助金の公式サイトで最新情報を必ず確認してください。

📝この記事のポイント

• インボイスを導入した時期を問わず、インボイス発行事業者が利用可能な補助金は主に4種類
• 「小規模事業者持続化補助金」 には、インボイス発行事業者向けに​​補助金の​上限額が​50万円が​上乗せされる「インボイス特例」がある
• 「IT導入補助金」のインボイス枠では、インボイス対応の決済システムなどのコストを申請可能
• 補助上限4,000万円の「ものづくり補助金」には、製品・サービス高付加価値枠とグローバル枠がある
• 「事業承継・M&A補助金」は、ビジネスを譲渡されたインボイス発行事業者なども申請できる

目次

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• インボイス制度導入に関連する補助金とは？
  ・インボイス制度の補助金とは
  ・補助金を給付する理由
  ・補助金の対象者
  ・補助金の種類
• インボイス補助金：小規模事業者持続化補助金
  ・当該インボイス補助金の概要
  ・補助金がもらえる条件
  ・補助金の申請方法
• インボイス補助金：IT導入補助金
  ・当該インボイス補助金の概要
  ・補助金がもらえる条件
  ・補助金の申請方法
• インボイス補助金：ものづくり補助金
  ・当該インボイス補助金の概要
  ・補助金がもらえる条件
  ・補助金の申請方法
• インボイス補助金：事業承継・M&A補助金
  ・当該インボイス補助金の概要
  ・補助金がもらえる条件
  ・補助金の申請方法
• インボイス補助金をもらうメリット
  ・システム導入の経済的負担の減少
  ・システム導入による業務改善
• インボイス対応の決済サービスならSquare
• まとめ
• よくある質問
  ・インボイス制度の補助金にはどんなものがありますか？
  ・インボイス制度の補助金は個人事業主ももらえますか？
  ・インボイス制度の補助金をもらうメリットは何ですか？

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インボイス制度導入に関連する補助金とは？

インボイス発行事業者がビジネスを運営するうえで、利用できる補助金があることはぜひ頭に入れておきたいポイントです。インボイス発行事業者が利用できる補助金とはどんなもので、その給付理由や対象者、種類について確認してみましょう。

インボイス制度の補助金とは

免税事業者だった人がインボイス制度を導入して課税事業者となった場合、国による複数のサポートが受けられます。その1つが、ビジネスに利用できる補助金です。 インボイス発行事業者であることで補助金の種類によっては上限額に加算があるなど、特別な支援を受けられるケースもあります。

補助金を給付する理由

インボイス発行事業者になると、経理上の手続きの事務負担や税負担が一定程度増えます。その負担軽減を目指すことが補助金給付の理由です。補助金を使って導入した機器などは受給後も利用できることから、インボイス発行事業者のビジネスを持続的に支えてくれる制度といえるでしょう。

補助金の対象者

インボイス発行事業者として補助金申請ができるのは、中小企業や小規模事業者で、個人事業主も含まれます。インボイス発行事業者になったばかりの人も、既にインボイス発行事業者としてビジネスを運営している人も、対象となる補助金があります。ただし補助金の種類によっては、小規模事業者のみが対象のケースもあるため、申請前に要件を必ず確認しましょう。

補助金の種類

インボイス発行事業者が申請可能な補助金には、次の4つが挙げられます。

• 小規模事業者持続化補助金
• IT導入補助金
• ものづくり補助金
• 事業承継・M&A補助金

それぞれの補助金は、用途、申請条件、申請期限などが異なります。よく理解したうえで、申請手続きを行いましょう。各補助金の概要は次章で説明します。

インボイス補助金：小規模事業者持続化補助金

業種を問わずインボイス発行事業者が利用しやすい補助金として、「小規模事業者持続化補助金」があります。

当該インボイス補助金の概要

小規模事業者持続化補助金は、​個人事業主や​中小企業の​持続的な​経営を​サポートするための補助金で、​販路開拓や​業務効率化の​コストを​補助する​ものです。具体的には、次のような目的で活用できます¹。

• 店舗改装・バリアフリー化工事のための外注費用
• インボイス制度対応に伴う取引先の維持・ 拡大に向けた税理士相談費用
• 販路開拓のための広報・展示会出展費用
• 生産販売拡大のための機械・装置の導入費用
  など

小規模事業者持続化補助金は​、インボイス対応の​ための​DXを​主目的と​する​補助金では​ありませんが、​免税事業者から​インボイス発行事業者に​転向した​ビジネスに​対して​「インボイス特例」が​設けられていることがポイントです。​インボイス特例が​適用されると​補助金の​上限額が​50万円が​上乗せされる​ため、​補助金の​合計額は​最大100〜250万円となります。

補助金がもらえる条件

小規模事業者持続化補助金を申請できる条件のうち、主な条件は次の3点です¹。

• 小規模事業者（業種・雇用人数の制限あり）
• 直近過去3年分の課税所得の年平均額が15億円以下
• 資本金または出資金が5億円以上の法人に、直接的あるいは間接的に全株式を保有されていない（法人の場合）

「小規模事業者」には個人事業主も含まれ、インボイス発行事業者になった個人事業主も小規模事業者持続化補助金を申請できます。ただし、医師、個人農業者、宗教法人などは除外されます。

補助金の申請方法

補助金の申請には、定められた期間内に必要書類を用意し、​オンラインの電子申請システムから手続きします。電子申請システムの利用するには、GビズIDプライム（またはGビズIDメンバー）のアカウントが必要です。マイナンバーカードを利用した申請の場合、アカウントは最短即日発行されますが、申請書類を郵送する場合は審査に2週間ほどかかるため、早めに準備しておきましょう。

また、補助金の申請にはいくつかの添付書類が必要です。一例として、個人事業主が小規模事業者持続化補助金を申請する際に必要な書類を次に挙げます¹。

小規模事業者持続化補助金の申請に必要な書類（個人事業主の例）

対象者	書類の種類	提出方法
申請者全員	事業支援計画書	申請手続きより前に、システム内から商工会・商工会議所に発行を依頼
申請者全員	小規模事業者持続化補助金事業に係る申請書 経営計画兼補助事業計画① 補助事業計画② 補助金交付申請書 宣誓・同意書	システムに入力（添付不要）
申請者全員	確定申告書（最初の決算期を迎えていない場合は開業届と売上台帳など）	システムに添付
インボイス特例を利用する場合	登録済みの事業者： 適格請求書発行事業者の登録通知書の写し 電子申告（e-Tax）で登録申請手続中の事業者： 登録申請データの「受信通知」	システムに添付
その他	希望する申請枠に応じて追加書類が必要

小規模事業者持続化補助金の申請期間は例年1カ月半程度で、そのタイミングを逃すと次回以降のチャンスを待つことになります。また、申請条件・方法は年度ごとに変わる可能性があるため、申請する前に最新情報を必ず確認しましょう。

インボイス補助金：IT導入補助金

業務効率化や​セキュリティー対策などの​ための​DX推進を​目的と​した​「IT導入補助金」も、​インボイス制度への​対応に​利用できます。​

当該インボイス補助金の概要

​IT導入補助金とは、IT機器やソフトウェアなどのコストを支援する制度で、補助上限は最大450万円です。​IT導入補助金は用途ごとに次の5つの申請枠があるのが特徴で、​枠に​よって補助金額も異なります。

• 通常枠
  用途例：決済システム、在庫管理システムなど
• インボイス枠（インボイス対応類型）
  用途例：インボイス対応の決済・会計ソフト、パソコン・タブレット端末など
• インボイス枠（電子取引類型）
  用途例：インボイス対応の受発注システム
• セキュリティ対策推進枠
  用途例：ネットワーク監視用システム（サイバーセキュリティー対応）など
• 複数社連携IT導入枠
  用途例：決済ソフト、データ分析システムなど

​​インボイス枠（インボイス対応類型）は​少額の​ITツール導入にも​活用でき、大規模なシステムが不要なインボイス発行事業者にも優しい仕組みといえます。インボイス対応類型の場合、関連した​会計ソフトや​クラウドサービスの​利用料の​他、そうしたソフトウェアを使うための​パソコンなどの端末代も​補助金の対象です。

補助金がもらえる条件

IT導入補助金の申請条件のうち、主要なものは次の5点です²。

• 中小企業・小規模事業者
• 国内でビジネスを運営している法人または個人
• 小規模事業者の場合、従業員が5人以下または20人以下（業種により異なる）
• 納税証明書・確定申告書などを提出可能
• 過去3年の課税所得の平均が15億円以下

こうした条件を満たすインボイス発行事業者は、IT導入補助金の申請が可能です。なお、インボイス枠ではインボイス対応のためのソフトウェアを導入する場合に限り、ハードウェアの補助金も申請できます。ハードウェア単体での補助金申請はできないことを覚えておきましょう。

また、インボイス発行事業者であってもインボイス枠以外の枠での申請も認められています。

補助金の申請方法

IT導入補助金の申請におけるポイントは3つあります。

• 必ず「IT導入支援事業者」のサポートを得て申請
• 申請後、ITツールの代金を支払い、後から補助金受給
• 5つの申請枠で申請スケジュールがそれぞれ異なる

IT導入支援事業者は補助金事業の審査を経て登録され、ITツールやDX、IT導入補助金について知識を持つ民間の事業者です。導入したいITツールに応じて、補助金の公式サイトから登録事業者を選んで契約します。IT導入補助金を申請したいインボイス発行事業者は、どのITツールを利用したいかを考え、そのITツールを扱っているIT導入支援事業者を選びましょう。

IT導入補助金の申請はオンラインの専用システムから手続きします。個人事業主が申請する場合に必要な書類は次の通りです²。

IT導入補助金の申請に必要な書類（個人事業主の例）

対象者	書類の種類	提出方法
申請者全員	本人確認書類（運転免許証、住民票、運転経歴証明書のいずれか）	システムに添付
申請者全員	確定申告書	システムに添付
申請者全員	所得税の納税証明書	システムに添付
「補助率3分の2以内」への引き上げ適用を希望する場合	賃金状況報告シート	専用フォーマットをダウンロードして記入・添付

IT導入補助金の申請システムを利用するにはGビズIDプライムが必要です。補助金申請を考えているインボイス発行事業者は、あらかじめオンラインでアカウントを作成しておきましょう。

さらに、申請システム外での手続きとして、「SECURITY ACTION（セキュリティー対策自己宣言）」もあります。独立行政法人情報処理推進機構（IPA）による「SECURITY ACTION」のという制度の、「★（一つ星）」または「★★（二つ星）」の宣言を行うことで、事業者の情報セキュリティー対策への取り組みを示すものです。自己宣言IDが交付されるまで約2〜3日かかるため、手続きを計画的に進めていく必要があります³。

インボイス補助金：ものづくり補助金

「ものづくり補助金​」という通称で呼ばれる「ものづくり・商業・サービス生産性向上促進補助金」は、必ずしも製造業などものづくりの事業者でなくても活用できる補助金です。インボイス発行事業者も、条件を満たせばものづくり補助金の申請対象となります。

当該インボイス補助金の概要

ものづくり補助金は、​中小企業・​個人事業主の​生産性向上や持続的な賃上げを​目的と​する​補助金です。最大4,000万円の補助上限が設定され、新製品の開発や設備投資に活用できます。​補助金の​用途に​応じて、​次の​2つの​枠が​設けられています。

• 製品・サービス高付加価値枠
  用途例：付加価値の高い革新的な製品を製造するための最新機器・技術の導入、特許取得など
• グローバル枠
  用途例：海外市場開拓のためのシステム導入、新製品開発、海外展示会への出展、広告宣伝など

たとえば、申請条件を満たすインボイス発行事業者が新規サービスを開発する際の原材料費や外注費、海外進出するための専門家への相談費用や視察旅行費用なども、ものづくり補助金の対象です。

補助金がもらえる条件

ものづくり補助金の申請ができるのは、次のような条件に当てはまる場合です⁴。

• 日本国内に本社・事業所がある
• 常勤の従業員が1人以上
• 中小企業者（法人または個人）：製造業、建設業、運輸業、旅行業、卸売業、サービス業、ソフトウェア業、情報処理サービス業、旅館業、小売業など
• 小規模事業者：製造業、商業・サービス業、宿泊業・娯楽業など

さらに、ものづくり補助金の申請には「補助金を使った事業の終了後、3〜5年で達成すべき目標」の要件もあります。主な要件は次の3点です。

1. 付加価値額の増加要件：
   事業者全体の付加価値額の年平均成長率を3%以上増加させる
2. 賃金の増加要件：
   従業員・役員の給与支給総額の年平均成長率を2%以上増やす
   または
   従業員・役員の1人あたり給与支給総額の年平均成長率を「都道府県の直近5年間の最低賃金の年平均成長率」以上にする
3. 事業所内最低賃金水準要件：
   補助事業の主要拠点での最も低い賃金を、毎年、都道府県の最低賃金より30円以上アップする

この3点の目標のうち「2」と「3」が未達の場合、補助金を返還する義務が発生するので、しっかり計画を練ったうえでものづくり補助金を申請する必要があります。

なお、ものづくり補助金の「グローバル枠」で申請する際は、補助事業終了後の海外顧客率の増加など、さらに別の要件への対応も求められます。

補助金の申請方法

​事業規模などの​要件を​満たし、​事業計画書などの​必要書類を​用意したうえで​オンラインの電子申請システムから申請します。電子申請システムを利用するためには、GビズIDプライム（またはGビズIDメンバー）のアカウント作成が必要です。

ものづくり補助金の申請にはいくつかの書類の提出も求められます。個人事業主を例に、申請に必要な書類を以下にまとめました。

ものづくり補助金の申請に必要な書類（個人事業主の例）

対象者	書類の種類	提出方法
申請者全員	事業計画書	審査に必要な項目を確認したうえで作成し、システムに入力
申請者全員	補助経費に関する誓約書	システムに入力
申請者全員	賃金引上げ計画の誓約書	システムに入力
申請者全員	直近2期分の確定申告書	システムに添付
申請者全員	従業員数の確認書類	システムに添付

上に挙げた書類以外にも、申請内容によって「大幅な賃上げの計画書」や「海外事業の準備状況を示す書類」などを用意します。書類の準備にかかる時間も考慮して手続きを進めましょう。

インボイス補助金：事業承継・M&A補助金

「事業承継・M&A補助金」も、インボイス発行事業者が使える可能性のある補助金の1つです。どんなケースで活用が可能かチェックしてみましょう。

当該インボイス補助金の概要

事業承継・M&A補助金は、ビジネスを別の人や会社の間で引き継ぐ際のコストをサポートする補助金です。親から子へ引き継ぐような親族内での承継、社内の別の人への承継、他社などにビジネスの一部や全体を譲渡するM&Aも含め、事業承継と呼ばれ、この補助金の対象となります。

事業承継・M&A補助金はインボイス発行事業者に特化した補助金ではありませんが、後継者不足などの課題解決に寄与する制度です。他社から事業や株式などを引き継ぐ、後継者としてビジネスを承継するなどのケースで、申請条件を満たすインボイス発行事業者も利用できます。

補助の対象となる取り組みやコストにより、事業承継・M&A補助金は次の4枠で申請が可能です。

• 事業承継促進枠⁵
  事業継承に伴う設備投資などを通した生産性向上を支援
• 専門家活用枠⁶
  事業再編・統合でビジネスを譲渡する／される中小企業・個人事業主を支援
• 廃業・再チャレンジ枠⁷
  事業譲渡ができなかった中小企業・個人事業主の廃業経費を補助し、再チャレンジを支援
• PMI推進枠⁸
  M&Aを行った中小企業などの事業再編や事業統合の取り組みを支援

それぞれの枠によって補助上限額は異なりますが、最大2,000万円の補助を受けることができます。事業承継を検討中のインボイス発行事業者にとって、ビジネスを後押しする資金になるといえるでしょう。

補助金がもらえる条件

事業承継・M&A補助金の申請対象者は、「4枠に共通する条件」と「枠ごとに異なる条件」の両方を満たす人・組織です。インボイス発行事業者はどの枠で申請するかを考えたうえで、申請条件をしっかり確認しましょう。

事業承継・M&A補助金の4枠に共通した申請条件のうち、主要なものは次の3点です。

• 日本国内に拠点があり、国内で事業を営んでいる事業者
• 製造業その他、卸売業、小売業、サービス業（従業員数・資本金額による制限あり）
• 地域経済に貢献している、または貢献する予定の中小企業・個人事業主

その他、詳細な条件はそれぞれの枠の最新の公募要領で必ず確認しましょう。

補助金の申請方法

事業承継・M&A補助金も電子申請システムでのオンライン申請が必要です。GビズIDプライム（またはGビズIDメンバー）のアカウントを作成し、次に挙げる必要書類を揃え、定められた申請期間内に手続きします。

事業承継・M&A補助金の申請は、申請枠・類型ごとに、また継承者・被継承者が法人か個人であるかによって必要書類が細かく違ってきます。インボイス発行事業者が申請する場合も、申請年度の最新情報を事業承継・M&A補助金の公式サイトでしっかり確認のうえ、手続きを進めましょう。

インボイス補助金をもらうメリット

インボイス発行事業者にとって、各種補助金を活用することで具体的にどんなメリットがあるか考えてみましょう。

システム導入の経済的負担の減少

インボイス制度に​対応する​ために​複雑化した​経理事務に​おいては​、デジタル化の​ニーズが​高まっています。たとえば、​消費税計算に対応した会計ソフトや、デジタルで見積書・請求書などの発行システムを導入する場合、補助金を使わなければ経費は自らが負担することになります。

インボイス制度に​関連する​DXの​コストを​軽減すべく、インボイス発行事業者も​​補助金の​利用を​検討してみましょう。

システム導入による業務改善

インボイス制度に対応するためのDXは、請求、決済、会計などの日常業務の効率化につながります。インボイス制度の導入で一見すると増えた事務作業ですが、入力業務や書類作成業務をデジタル化し一元管理できる体制を整えてしまえば、スピーディーに業務を進めることが可能です。

補助金を活用したDXによる業務改善効果は、インボイス発行作業そのものだけでなくビジネス全体の効率化にプラスの影響をもたらすと考えられます。

インボイス対応の決済サービスならSquare

インボイス発行事業者が業務環境を整える場合、インボイス制度に対応した機能を持つITツールを選択することがポイントです。

多様な業態で使われている「Square（スクエア）」はインボイス制度に対応したツールで、Squareのシステムで作成した請求書、領収書、電子レシートなどには適格請求書発行事業者の登録番号を表示させることができます。商品項目ごとに適用税率・税種も表示できるため、インボイス発行事業者が安心して使えるITツールです。

Squareの無料アカウントを作るだけで、決済から在庫管理、スタッフ管理までさまざまな機能を使えるため、ビジネス全体の業務効率化にも寄与します。補助金の申請手順は複雑で、申請から採択まである程度時間もかかります。Squareのキャッシュレス決済やPOSレジは低コストかつスピーディーに導入できることから、予算をかけずに事業環境をインボイス対応に変えたい事業者に適しています。

まとめ

インボイス発行事業者にとって、各種補助金はインボイス対応業務の効率化を図るためだけでなく、ビジネス全体を加速させるために効果的な仕組みです。補助金の申請資格や申請期間を確認のうえで手続きし、インボイス発行事業者として補助金というサポートを上手に活用してみましょう。

よくある質問

最後に、インボイス発行事業者が申請できる補助金について、よくある質問と回答をまとめてみました。補助金申請を検討する際に役立ててください。

インボイス制度の補助金にはどんなものがありますか？

インボイス制度そのものに補助金は付帯していませんが、インボイス発行事業者も利用が可能な補助金として次のようなものが挙げられます。

• 小規模事業者持続化補助金
• IT導入補助金
• ものづくり補助金
• 事業承継・M&A補助金

たとえば、IT導入補助金には「インボイス枠」という申請枠があり、インボイス対応の決済ツールの導入などのために補助金を申請できます。いずれの補助金も、公式サイトで申請資格をチェックするか、商工会などに相談のうえで申請してください。

インボイス制度の補助金は個人事業主ももらえますか？

インボイス発行事業者が利用可能な4種類の補助金は、個人事業主も対象です。ただし、補助金の申請枠によっては法人のみが対象のケースや、別途条件が設けられていることもあるため、申請前に条件や要件を詳しく確認しましょう。

インボイス制度の補助金をもらうメリットは何ですか？

インボイス制度への対応により発生する経理事務の作業負担とコスト負担を、補助金によって軽減できることがメリットです。補助金を使って、インボイス対応の請求書や領収書を作成できるITツールなどを導入する他、新商品開発コストや事業継承コストの軽減にも役立て、ビジネスの効率的な運営を目指しましょう。

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Squareのブログでは、起業したい、自分のビジネスをさらに発展させたい、と考える人に向けて情報を発信しています。お届けするのは集客に使えるアイデア、資金運用や税金の知識、最新のキャッシュレス事情など。また、Square加盟店の取材記事では、日々経営に向き合う人たちの試行錯誤の様子や、乗り越えてきた壁を垣間見ることができます。Squareブログ編集チームでは、記事を通してビジネスの立ち上げから日々の運営、成長をサポートします。

執筆は2025年11月27日時点の情報を参照しています。2025年12月11日に​記事の​一部​情報を​更新しました。当ウェブサイトからリンクした外部のウェブサイトの内容については、Squareは責任を負いません。